Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2711-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2711-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 70

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	13206949	G-A	HET
SBS	Chr1	27781867	C-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g48446
SBS	Chr1	28936393	G-T	Homo
SBS	Chr1	28936400	A-T	Homo
SBS	Chr1	32282697	A-G	HET
SBS	Chr1	35568085	C-T	HET
SBS	Chr1	40189430	A-G	Homo
SBS	Chr1	9385404	G-T	HET
SBS	Chr10	13929773	A-T	HET
SBS	Chr10	15379675	G-T	HET
SBS	Chr10	20880981	G-A	HET
SBS	Chr10	21135881	T-A	HET
SBS	Chr11	12929303	C-A	HET
SBS	Chr11	15709691	T-G	Homo
SBS	Chr11	18341428	G-A	HET
SBS	Chr11	18895663	C-T	HET
SBS	Chr11	21724288	A-T	HET
SBS	Chr11	26932200	G-A	HET
SBS	Chr12	1151958	C-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os12g03060
SBS	Chr12	12387800	T-C	HET
SBS	Chr12	13462449	C-A	HET
SBS	Chr12	17179950	C-G	HET
SBS	Chr12	19407505	A-C	HET
SBS	Chr12	24576268	G-T	HET
SBS	Chr2	10418647	T-A	HET
SBS	Chr2	12913779	T-C	HET
SBS	Chr2	13441847	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g22530
SBS	Chr2	17215203	C-A	HET
SBS	Chr2	22546298	G-A	Homo
SBS	Chr2	27364675	G-T	HET
SBS	Chr2	28876342	G-A	Homo
SBS	Chr2	32418001	C-A	HET
SBS	Chr2	6184935	T-C	HET
SBS	Chr3	16346075	C-A	Homo
SBS	Chr3	24169957	C-T	HET
SBS	Chr3	27434028	C-T	HET
SBS	Chr3	34249080	C-T	HET
SBS	Chr3	4201764	G-A	HET
SBS	Chr4	25305650	G-A	HET
SBS	Chr4	28125709	T-G	HET
SBS	Chr4	32238116	G-A	HET
SBS	Chr4	4084440	G-T	HET
SBS	Chr5	19457504	C-T	HET
SBS	Chr5	19457506	C-A	HET
SBS	Chr5	25676760	C-T	HET
SBS	Chr5	28235734	T-C	HET
SBS	Chr5	7889359	G-A	HET
SBS	Chr6	10453536	G-C	HET
SBS	Chr6	14446309	T-A	HET
SBS	Chr6	16002473	C-T	Homo
SBS	Chr6	1696576	T-A	Homo
SBS	Chr6	7949681	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g14250
SBS	Chr7	14808919	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g25770
SBS	Chr7	14808921	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g25770
SBS	Chr7	28871435	T-A	HET
SBS	Chr7	8333269	G-C	HET
SBS	Chr8	1083476	C-T	HET
SBS	Chr8	1130149	C-A	HET
SBS	Chr8	15298573	G-A	HET
SBS	Chr8	17004164	C-T	Homo
SBS	Chr8	17004165	C-T	Homo
SBS	Chr8	17761225	C-T	HET
SBS	Chr8	22518838	C-T	HET
SBS	Chr8	24929671	C-A	HET
SBS	Chr8	28003104	A-T	HET
SBS	Chr8	6236307	C-T	HET
SBS	Chr8	7463418	C-A	HET
SBS	Chr9	12736976	C-T	Homo
SBS	Chr9	3477863	G-A	HET
SBS	Chr9	5658821	G-A	HET

Deletions: 16

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr11	1286533	1286539	6
Deletion	Chr4	2364928	2365025	97
Deletion	Chr9	2782644	2782645	1
Deletion	Chr6	12736363	12736366	3
Deletion	Chr12	15425789	15425790	1	LOC_Os12g26400
Deletion	Chr6	16913337	16913345	8	LOC_Os06g29490
Deletion	Chr10	18584896	18584902	6
Deletion	Chr10	18765727	18765728	1
Deletion	Chr3	21365568	21365572	4
Deletion	Chr1	21884557	21884562	5
Deletion	Chr9	22576598	22576614	16
Deletion	Chr8	23034661	23034682	21
Deletion	Chr2	26790930	26790931	1
Deletion	Chr1	29064812	29064817	5
Deletion	Chr1	32150521	32150527	6
Deletion	Chr1	40139212	40139213	1

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	5943189	5943194	6
Insertion	Chr3	31127909	31127910	2
Insertion	Chr4	15715312	15715312	1
Insertion	Chr5	10776599	10776600	2
Insertion	Chr9	6144438	6144438	1

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr3	22496672	23339556	2

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr9	2321503	Chr4	12931302	LOC_Os09g04384
Translocation	Chr10	5484403	Chr2	14658145
Translocation	Chr9	13081689	Chr4	13300397	2

Main menu

You are here

Search Nipponbare