Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 43

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	16780050	T-C	HET
SBS	Chr1	1950405	C-T	Homo
SBS	Chr1	22485901	T-A	HET
SBS	Chr1	28116920	A-T	Homo
SBS	Chr1	35717161	A-G	HET
SBS	Chr1	37717108	T-A	HET
SBS	Chr10	17053760	C-T	Homo
SBS	Chr11	1089887	A-G	Homo
SBS	Chr11	19522806	T-A	HET
SBS	Chr11	19522807	C-A	HET
SBS	Chr11	23011542	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g38750
SBS	Chr11	23289024	C-A	HET
SBS	Chr11	26732938	G-T	Homo
SBS	Chr12	17500263	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g29450
SBS	Chr12	5544149	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g10460
SBS	Chr2	11701188	C-G	HET
SBS	Chr2	12837765	C-T	HET
SBS	Chr2	21660123	A-G	HET
SBS	Chr2	31867863	G-T	HET
SBS	Chr2	4950778	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g09630
SBS	Chr2	6759371	T-C	HET
SBS	Chr3	16167086	T-C	HET
SBS	Chr3	22055331	A-T	HET
SBS	Chr3	22057710	G-C	HET
SBS	Chr3	23015481	T-G	HET
SBS	Chr3	27667838	G-A	HET
SBS	Chr3	3075107	T-A	HET
SBS	Chr3	6124726	G-A	HET
SBS	Chr3	8748995	T-A	HET
SBS	Chr4	14035071	G-C	Homo
SBS	Chr4	14187180	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g24710
SBS	Chr4	23297364	A-T	Homo
SBS	Chr6	29240744	G-A	HET
SBS	Chr6	30176241	C-A	HET
SBS	Chr7	22492252	G-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g37560
SBS	Chr8	13159762	C-T	HET
SBS	Chr8	13175113	T-C	Homo
SBS	Chr8	17052512	G-T	Homo
SBS	Chr8	182684	G-T	HET
SBS	Chr8	24320993	G-A	HET
SBS	Chr8	25581628	G-A	HET
SBS	Chr8	4432325	C-T	Homo
SBS	Chr9	6735634	G-C	Homo

Deletions: 18

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr11	374793	374794	1
Deletion	Chr10	3847911	3847912	1
Deletion	Chr6	4763330	4763344	14
Deletion	Chr9	7150205	7150213	8
Deletion	Chr6	14393306	14393316	10
Deletion	Chr1	14948118	14948121	3	LOC_Os01g26350
Deletion	Chr10	16600924	16600925	1
Deletion	Chr5	18458924	18458927	3
Deletion	Chr11	19592804	19592805	1	LOC_Os11g33120
Deletion	Chr3	22057635	22057636	1
Deletion	Chr7	22616523	22616525	2
Deletion	Chr3	23072535	23072537	2
Deletion	Chr3	23216523	23216525	2
Deletion	Chr11	23999608	23999619	11
Deletion	Chr8	24826001	24917000	90999	13
Deletion	Chr8	24925001	24987000	61999	8
Deletion	Chr8	27855108	27855112	4	LOC_Os08g44240
Deletion	Chr1	30602619	30602620	1

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr7	401151	401151	1
Insertion	Chr8	3180654	3180657	4

Inversions: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr4	95013	401917	2
Inversion	Chr4	95025	407144	LOC_Os04g01130
Inversion	Chr10	13856653	13856976
Inversion	Chr8	24140364	24825766	2
Inversion	Chr8	24140368	24821939
Inversion	Chr3	27571479	28173560	2
Inversion	Chr3	27571485	28173565	2

Translocations: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr4	401930	Chr3	2167751	LOC_Os04g01600
Translocation	Chr4	407097	Chr3	2167764
Translocation	Chr12	11084718	Chr1	2549994
Translocation	Chr11	19757340	Chr1	33088407	LOC_Os11g33394
Translocation	Chr7	24388467	Chr6	16837851
Translocation	Chr11	24771637	Chr9	14653934

Main menu