Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 43

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	12823354	A-G	HET
SBS	Chr1	18863538	G-A	HET
SBS	Chr1	24900792	C-G	HET
SBS	Chr1	26418162	G-T	HET
SBS	Chr1	42289672	A-G	HET
SBS	Chr1	42645991	G-A	HET
SBS	Chr10	15026475	T-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g28820
SBS	Chr10	20595096	G-C	HET
SBS	Chr10	9183788	A-G	Homo
SBS	Chr11	13594074	C-T	HET
SBS	Chr11	15025330	G-A	HET
SBS	Chr12	14972853	G-A	HET
SBS	Chr2	29130293	C-A	Homo
SBS	Chr2	29201436	T-A	Homo
SBS	Chr2	29201437	G-A	Homo
SBS	Chr3	19325189	C-T	Homo
SBS	Chr3	20998327	T-A	Homo
SBS	Chr3	27502209	T-C	HET
SBS	Chr3	28285990	G-A	HET
SBS	Chr3	29497643	C-A	HET
SBS	Chr3	30934365	A-C	HET
SBS	Chr4	13545714	C-T	HET
SBS	Chr4	1369314	A-G	HET
SBS	Chr4	22563852	A-G	HET
SBS	Chr4	5754895	C-T	HET
SBS	Chr5	15164702	C-T	HET
SBS	Chr5	19887232	C-T	Homo
SBS	Chr5	19887233	A-T	Homo
SBS	Chr5	25111653	T-C	HET
SBS	Chr6	1290743	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g03380
SBS	Chr6	17364850	G-A	Homo
SBS	Chr6	1872307	C-A	HET
SBS	Chr6	1872308	C-T	HET
SBS	Chr6	2108232	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g04830
SBS	Chr6	29066343	T-A	HET
SBS	Chr7	12567583	T-C	HET
SBS	Chr8	17656423	T-C	HET
SBS	Chr8	18273947	G-A	Homo
SBS	Chr8	20680692	A-T	Homo
SBS	Chr8	2542960	G-C	HET
SBS	Chr8	8120347	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g13650
SBS	Chr9	1342413	A-T	HET
SBS	Chr9	2208603	T-C	Homo

Deletions: 8

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr3	973001	1115000	141999	21
Deletion	Chr10	4101050	4101052	2
Deletion	Chr8	7139406	7139409	3
Deletion	Chr10	8763658	8763674	16	LOC_Os10g17390
Deletion	Chr10	15714837	15714839	2	LOC_Os10g30250
Deletion	Chr7	19989878	19989890	12
Deletion	Chr1	23537233	23537234	1
Deletion	Chr4	30464968	30464971	3

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr12	13553852	13553895	44
Insertion	Chr3	35098255	35098255	1	LOC_Os03g61910

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr3	964968	1789128	2
Inversion	Chr3	1118444	1507903
Inversion	Chr7	12451489	12509279	2
Inversion	Chr5	18219231	18220713	LOC_Os05g31340

Translocations: 13

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	3766431	Chr11	17795273
Translocation	Chr10	4210026	Chr7	5465962
Translocation	Chr11	5309561	Chr10	16682476	LOC_Os11g09919
Translocation	Chr11	5309736	Chr10	16682459	LOC_Os11g09919
Translocation	Chr4	10606616	Chr3	16913391	2
Translocation	Chr11	13025846	Chr3	17126159
Translocation	Chr8	13684523	Chr4	10213076	2
Translocation	Chr7	15437430	Chr6	22303191
Translocation	Chr4	16584293	Chr2	6111565	2
Translocation	Chr4	17955491	Chr1	41377669
Translocation	Chr6	19500163	Chr3	10047989
Translocation	Chr6	20502559	Chr1	11599811	LOC_Os06g35170
Translocation	Chr4	25205775	Chr3	16531016

Main menu