Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 54

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	28057593	T-A	HET
SBS	Chr1	29618090	A-G	HET
SBS	Chr1	30851909	G-T	HET
SBS	Chr1	7539926	A-T	HET
SBS	Chr10	11962310	G-A	HET
SBS	Chr10	22534403	T-G	HET
SBS	Chr10	3679637	C-T	HET
SBS	Chr10	8722552	G-A	HET
SBS	Chr11	8857914	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g15610
SBS	Chr12	10531371	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g18220
SBS	Chr12	11300118	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g19450
SBS	Chr12	21480652	G-C	Homo
SBS	Chr12	2634506	G-C	HET
SBS	Chr12	26597573	G-A	Homo
SBS	Chr12	4636969	T-A	Homo
SBS	Chr2	12519822	G-T	HET
SBS	Chr2	17042855	T-A	HET
SBS	Chr2	18597091	C-A	HET
SBS	Chr2	3444345	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g06830
SBS	Chr2	7112070	C-A	HET
SBS	Chr2	7459818	C-A	Homo
SBS	Chr2	9879872	A-G	Homo
SBS	Chr3	12089882	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g21190
SBS	Chr3	15899016	G-C	Homo
SBS	Chr3	24445791	G-A	HET
SBS	Chr3	35914759	C-G	Homo
SBS	Chr3	9459649	T-A	Homo
SBS	Chr3	9459650	T-A	Homo
SBS	Chr4	12311093	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g21750
SBS	Chr4	20493789	C-A	HET
SBS	Chr4	22720674	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g38180
SBS	Chr4	2309489	G-A	HET
SBS	Chr4	35286782	G-T	HET
SBS	Chr4	525423	A-G	HET
SBS	Chr4	9309399	G-A	HET
SBS	Chr5	11773449	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g20129
SBS	Chr5	17906393	C-A	HET
SBS	Chr5	20809449	A-C	Homo
SBS	Chr5	26484646	A-G	HET
SBS	Chr6	13275162	A-G	HET
SBS	Chr6	15081276	A-G	HET
SBS	Chr6	15673933	C-T	HET
SBS	Chr7	11467950	G-C	HET
SBS	Chr7	18906114	T-A	Homo
SBS	Chr7	21391061	C-A	HET
SBS	Chr7	5942182	A-G	HET
SBS	Chr8	10954136	T-C	HET
SBS	Chr8	11863949	A-T	HET
SBS	Chr8	12086046	G-A	HET
SBS	Chr8	20352438	T-C	HET
SBS	Chr8	22060149	T-C	Homo
SBS	Chr8	27580952	C-T	HET
SBS	Chr9	14589275	G-A	HET
SBS	Chr9	8495790	C-T	HET

Deletions: 15

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr3	1817001	1830000	12999	3
Deletion	Chr5	5237058	5237063	5
Deletion	Chr8	9629162	9629163	1	LOC_Os08g15840
Deletion	Chr7	11308437	11308438	1
Deletion	Chr12	11886773	11886779	6
Deletion	Chr9	12407679	12407684	5
Deletion	Chr9	12978528	12978531	3
Deletion	Chr9	13166534	13166540	6
Deletion	Chr3	20189233	20189234	1
Deletion	Chr12	24330782	24330786	4
Deletion	Chr6	24514044	24514045	1
Deletion	Chr12	25330310	25330313	3
Deletion	Chr2	28872674	28872680	6
Deletion	Chr1	30851706	30851709	3
Deletion	Chr1	39272137	39272144	7

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr2	25790879	25790879	1
Insertion	Chr4	31050413	31050422	10
Insertion	Chr6	12481193	12481193	1
Insertion	Chr8	4057409	4057409	1

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr10	7691114	8153444	LOC_Os10g14180
Inversion	Chr3	8720935	8902806	2
Inversion	Chr1	14045108	14045650

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr3	8597221	Chr2	23274843
Translocation	Chr8	9624432	Chr7	8806239	LOC_Os08g15830
Translocation	Chr12	21962434	Chr11	17865899

Main menu