Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 53

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	11424630	T-C	HET
SBS	Chr1	2219671	T-C	Homo
SBS	Chr1	31239916	G-A	HET
SBS	Chr1	34111842	A-C	HET
SBS	Chr1	36384513	T-C	HET
SBS	Chr1	4448414	C-T	HET
SBS	Chr1	6132442	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g11400
SBS	Chr11	10771596	C-T	HET
SBS	Chr12	10762243	C-A	Homo
SBS	Chr12	12518705	C-T	HET
SBS	Chr12	18941730	C-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g31490
SBS	Chr12	27162429	T-A	Homo
SBS	Chr12	4747153	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g09080
SBS	Chr12	5529807	A-T	Homo
SBS	Chr2	13932938	G-A	HET
SBS	Chr2	14519563	C-T	HET
SBS	Chr2	20238549	C-G	HET
SBS	Chr2	30164250	G-A	HET
SBS	Chr2	30164251	G-A	HET
SBS	Chr2	9715903	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g17000
SBS	Chr3	19033161	T-C	HET
SBS	Chr3	21819939	T-A	HET
SBS	Chr3	21819945	A-T	HET
SBS	Chr3	25228833	C-T	HET
SBS	Chr3	30873355	T-C	HET
SBS	Chr3	8374629	T-C	HET
SBS	Chr4	11227539	A-G	HET
SBS	Chr4	14118574	A-T	HET
SBS	Chr4	18043871	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g30240
SBS	Chr4	6826323	G-T	HET
SBS	Chr4	7762984	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g13900
SBS	Chr4	9476105	G-A	HET
SBS	Chr4	9860881	C-G	HET
SBS	Chr5	13397220	C-T	HET
SBS	Chr5	16791259	G-A	HET
SBS	Chr5	19400239	C-A	HET
SBS	Chr5	19425955	C-A	HET
SBS	Chr5	21177289	C-T	HET
SBS	Chr5	4042721	T-A	HET
SBS	Chr6	12030120	C-A	HET
SBS	Chr6	19739126	T-G	HET
SBS	Chr6	22177702	G-A	Homo
SBS	Chr6	5434705	G-T	Homo
SBS	Chr6	7456794	T-A	HET
SBS	Chr7	17490713	A-G	HET
SBS	Chr7	1845655	A-C	HET
SBS	Chr7	21592260	T-C	HET
SBS	Chr7	8070534	G-A	HET
SBS	Chr8	13023237	T-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g21740
SBS	Chr8	16269214	G-T	Homo
SBS	Chr8	7666358	T-C	Homo
SBS	Chr9	1905449	C-T	HET
SBS	Chr9	3903748	T-G	HET

Deletions: 22

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	701702	701703	1
Deletion	Chr2	1530441	1530449	8
Deletion	Chr4	4980001	5046000	65999	7
Deletion	Chr4	5999872	5999880	8
Deletion	Chr11	7920001	7948000	27999	3
Deletion	Chr6	10900133	10900138	5
Deletion	Chr10	11257398	11257401	3
Deletion	Chr10	11271297	11271299	2
Deletion	Chr5	12892001	12947000	54999	8
Deletion	Chr5	12990001	13006000	15999	2
Deletion	Chr6	17390465	17390466	1
Deletion	Chr12	18864599	18864605	6
Deletion	Chr6	20105934	20105941	7
Deletion	Chr2	20585150	20585152	2
Deletion	Chr7	21129096	21129099	3	LOC_Os07g35300
Deletion	Chr4	21198079	21198199	120
Deletion	Chr8	22949001	22968000	18999
Deletion	Chr5	23570870	23570872	2
Deletion	Chr3	23878924	23878930	6
Deletion	Chr8	26360943	26360944	1
Deletion	Chr1	34298081	34298082	1
Deletion	Chr1	39256953	39256958	5

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr12	19500625	19500630	6
Insertion	Chr5	1631783	1631783	1

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr11	7921714	8852447
Inversion	Chr11	7947947	8852451
Inversion	Chr8	22948499	23558334	2
Inversion	Chr8	22967889	23558338	2

Translocations: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	9487773	Chr6	12598603
Translocation	Chr11	9960751	Chr10	18647685
Translocation	Chr5	12880759	Chr3	24381807	LOC_Os05g22690
Translocation	Chr5	13006027	Chr3	24376609
Translocation	Chr10	15800904	Chr4	13170888
Translocation	Chr9	16680084	Chr2	10459219	2
Translocation	Chr10	18722714	Chr4	5043775

Main menu