Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 49

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	12225219	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g21790
SBS	Chr1	15161667	G-A	HET
SBS	Chr1	15381653	C-T	HET
SBS	Chr1	19444377	C-T	HET
SBS	Chr1	25620978	T-C	Homo
SBS	Chr1	34232382	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g59230
SBS	Chr10	15730540	T-A	HET
SBS	Chr11	23368383	T-C	Homo
SBS	Chr11	26071961	C-T	HET
SBS	Chr11	6160057	C-T	Homo
SBS	Chr12	14365803	T-C	HET
SBS	Chr12	14442252	C-T	HET
SBS	Chr12	1653868	A-G	HET	SPLICE_SITE_DONOR	LOC_Os12g03990
SBS	Chr12	17305126	G-A	HET
SBS	Chr12	2798497	C-T	Homo
SBS	Chr12	3140741	T-A	HET
SBS	Chr12	3660762	C-T	HET
SBS	Chr12	4603303	C-T	HET
SBS	Chr12	5300166	C-T	HET
SBS	Chr12	7791765	C-T	HET
SBS	Chr2	13174591	G-T	Homo
SBS	Chr2	13174592	C-T	Homo
SBS	Chr2	16359360	G-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os02g27610
SBS	Chr2	21847415	A-G	Homo
SBS	Chr2	28026718	T-G	HET
SBS	Chr2	4068042	G-A	Homo
SBS	Chr3	14413091	C-T	Homo
SBS	Chr3	23048515	C-T	Homo
SBS	Chr3	25457087	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g45110
SBS	Chr4	12067297	A-T	HET
SBS	Chr4	32979328	C-T	HET
SBS	Chr4	33079578	C-T	HET
SBS	Chr4	7294607	A-G	HET
SBS	Chr5	24448941	C-A	Homo
SBS	Chr5	2633433	A-C	HET
SBS	Chr5	5379369	C-T	Homo
SBS	Chr6	15836009	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g27900
SBS	Chr7	17454369	A-T	HET
SBS	Chr7	24761754	G-T	HET
SBS	Chr8	12078067	A-C	HET
SBS	Chr8	13335815	C-A	HET
SBS	Chr8	14597363	C-T	HET
SBS	Chr8	1544448	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g03330
SBS	Chr8	20312647	G-A	HET
SBS	Chr8	27730565	G-T	HET
SBS	Chr8	7599595	G-T	HET
SBS	Chr8	7599599	C-A	HET
SBS	Chr8	7599600	G-A	HET
SBS	Chr8	7708590	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g12990

Deletions: 18

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr1	4914640	4914643	3
Deletion	Chr6	7024001	7029000	4999	LOC_Os06g12840
Deletion	Chr11	7524999	7525000	1
Deletion	Chr7	8053662	8053663	1
Deletion	Chr10	8115250	8115251	1
Deletion	Chr11	13232573	13232574	1
Deletion	Chr2	16349311	16349327	16
Deletion	Chr12	16672001	16818000	145999	24
Deletion	Chr12	16983001	17008000	24999	3
Deletion	Chr10	22146853	22146855	2
Deletion	Chr7	22686396	22686404	8
Deletion	Chr3	23867392	23867410	18
Deletion	Chr1	24700214	24700215	1
Deletion	Chr11	26544001	26665000	120999	19
Deletion	Chr11	26873001	26883000	9999	4
Deletion	Chr11	27073001	27264000	190999	31
Deletion	Chr11	27283001	27298000	14999	3
Deletion	Chr4	28689001	28716000	26999	4

Insertions: 11

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	16697274	16697275	2
Insertion	Chr1	836387	836408	22	LOC_Os01g02540
Insertion	Chr11	27830603	27830606	4
Insertion	Chr12	4130499	4130499	1	LOC_Os12g08100
Insertion	Chr2	34287786	34287789	4
Insertion	Chr3	3611944	3611945	2
Insertion	Chr3	970242	970242	1
Insertion	Chr6	5718480	5718481	2
Insertion	Chr7	13579336	13579336	1
Insertion	Chr8	5914608	5914627	20
Insertion	Chr8	6971094	6971094	1

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr6	6983134	7023172	LOC_Os06g12780
Inversion	Chr6	6983142	7029462	LOC_Os06g12780
Inversion	Chr12	17004499	17284443	2
Inversion	Chr1	17434588	17435132

Translocations: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr4	8353885	Chr1	32282073
Translocation	Chr12	8402036	Chr6	13377163	2
Translocation	Chr12	13786042	Chr1	2752180
Translocation	Chr8	18628695	Chr4	2530436	2
Translocation	Chr12	22022157	Chr4	15488985
Translocation	Chr7	23370711	Chr2	19766074	LOC_Os07g38980
Translocation	Chr3	34340303	Chr2	397595	2

Main menu