Search Results

Mutant Information

Mutant Name	FN2753-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2753-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 113

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	15824176	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g28244
SBS	Chr1	17905812	G-A	HET
SBS	Chr1	18241368	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g33136
SBS	Chr1	19869737	C-T	HET
SBS	Chr1	22126670	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g39310
SBS	Chr2	2138606	G-A	HET
SBS	Chr2	13981702	G-C	HET
SBS	Chr2	21978201	G-A	Homo
SBS	Chr2	22166422	C-T	HET
SBS	Chr2	28020379	A-T	HET
SBS	Chr3	7682798	A-T	HET
SBS	Chr3	11016643	G-A	Homo
SBS	Chr3	19807278	C-T	Homo
SBS	Chr3	28881227	C-A	HET
SBS	Chr3	30058467	G-A	HET
SBS	Chr3	31281611	C-T	HET
SBS	Chr3	34375481	G-C	HET
SBS	Chr4	2844729	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g05590
SBS	Chr4	9449393	C-G	HET
SBS	Chr4	11957221	C-T	HET
SBS	Chr4	13261573	G-A	Homo
SBS	Chr4	14794999	T-G	Homo
SBS	Chr4	18127627	G-A	HET
SBS	Chr4	18883696	C-A	Homo
SBS	Chr4	18883697	T-C	Homo
SBS	Chr4	19214358	T-C	Homo
SBS	Chr4	21204477	C-A	Homo
SBS	Chr5	6736152	T-A	Homo
SBS	Chr5	12140692	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g20710
SBS	Chr5	13966379	A-G	Homo
SBS	Chr5	22972903	C-T	HET
SBS	Chr5	26333603	T-C	Homo
SBS	Chr6	3336626	G-A	Homo
SBS	Chr6	13295840	T-A	Homo
SBS	Chr6	26588652	A-G	HET
SBS	Chr6	29084919	G-A	HET
SBS	Chr6	29479680	T-C	HET
SBS	Chr7	8724830	G-A	HET
SBS	Chr7	14862611	C-T	Homo
SBS	Chr7	17135547	G-A	HET
SBS	Chr7	29425169	C-A	HET
SBS	Chr8	446736	G-A	HET
SBS	Chr8	3384582	A-G	HET
SBS	Chr8	7049914	G-A	Homo
SBS	Chr8	8276829	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g13860
SBS	Chr8	9151688	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g15100
SBS	Chr8	13660220	C-T	HET
SBS	Chr9	19362809	A-G	HET
SBS	Chr9	19400857	C-T	HET
SBS	Chr10	2692699	A-G	HET
SBS	Chr10	6468134	T-A	HET
SBS	Chr10	6488320	G-A	HET
SBS	Chr11	3124308	G-T	Homo
SBS	Chr11	5149599	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g09630
SBS	Chr11	18980858	T-A	HET
SBS	Chr11	22125403	G-T	HET
SBS	Chr11	25338030	C-T	HET
SBS	Chr12	8373141	C-G	HET
SBS	Chr12	9883563	G-A	HET
SBS	Chr12	11973232	G-T	HET
SBS	Chr12	13719698	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g24110
SBS	Chr12	20945927	T-A	Homo
SBS	Chr1	12999526	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr1	16657453	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g29730
SBS	Chr1	17714943	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	37745648	A-T	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr2	21073994	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr2	29695555	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr2	33047059	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g53970
SBS	Chr2	33078448	C-G	HET	START_GAINED
SBS	Chr2	33078452	G-T	HET	UTR_5_PRIME
SBS	Chr2	33674453	A-T	HET	INTRON
SBS	Chr3	17224578	C-G	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g30180
SBS	Chr3	20500872	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	28800928	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	29509764	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	32175826	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr4	10403966	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g18750
SBS	Chr5	9070881	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	9070882	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	11762075	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	23531970	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr5	25534120	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	27546792	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	28633800	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g49920
SBS	Chr6	11963168	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr6	27984388	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	399401	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	27503070	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr8	1157317	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	2199926	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	12461122	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr8	19597116	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	20721027	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr9	5992744	G-T	HET	INTRON
SBS	Chr9	7499894	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	11207196	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	12047368	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	12306681	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr9	20518934	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	20825910	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	5794257	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	8638112	A-C	HET	INTRON
SBS	Chr11	13463650	C-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr11	15050766	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	5291350	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr12	10670185	C-T	HET	UTR_5_PRIME
SBS	Chr12	10957923	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	11441647	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr12	13064266	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g23100
SBS	Chr12	19341322	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	19343331	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	21276986	G-A	HET	SYNONYMOUS_CODING

Deletions: 41

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr4	833506	833507	1	LOC_Os04g02350
Deletion	Chr5	1327551	1327591	40
Deletion	Chr12	1524590	1524596	6	LOC_Os12g03750
Deletion	Chr7	1915834	1915837	3
Deletion	Chr9	2225531	2225601	70
Deletion	Chr8	2543625	2543688	63
Deletion	Chr4	3510044	3510045	1
Deletion	Chr4	5349104	5349130	26
Deletion	Chr5	6411381	6411382	1
Deletion	Chr12	6826381	6826382	1
Deletion	Chr6	7240174	7240179	5
Deletion	Chr12	8797140	8797142	2	2
Deletion	Chr7	8851707	8851751	44
Deletion	Chr6	10037983	10037987	4
Deletion	Chr7	10968349	10968350	1
Deletion	Chr6	11485476	11485487	11
Deletion	Chr7	12767245	12767247	2
Deletion	Chr4	13010166	13010170	4
Deletion	Chr5	13541735	13541769	34
Deletion	Chr7	13579697	13579698	1
Deletion	Chr4	14753982	14753989	7
Deletion	Chr8	16556001	16576000	19999	3
Deletion	Chr8	16579001	16611000	31999	7
Deletion	Chr11	18956067	18956068	1
Deletion	Chr9	20666289	20666290	1
Deletion	Chr12	20910937	20910938	1
Deletion	Chr3	21439707	21439722	15
Deletion	Chr8	21734592	21734594	2
Deletion	Chr2	21926504	21926507	3
Deletion	Chr4	22303876	22303878	2
Deletion	Chr8	24724154	24724156	2
Deletion	Chr1	27205030	27205033	3
Deletion	Chr12	27205500	27205505	5
Deletion	Chr5	27665648	27665664	16
Deletion	Chr4	28095714	28095742	28
Deletion	Chr6	29334764	29334774	10
Deletion	Chr4	30324190	30324202	12
Deletion	Chr3	31121859	31121863	4
Deletion	Chr3	36045962	36045964	2
Deletion	Chr1	39835952	39835955	3
Deletion	Chr1	42653212	42653218	6

Insertions: 14

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr11	25148081	25148081	1
Insertion	Chr4	14896425	14896425	1
Insertion	Chr1	3947893	3947894	2
Insertion	Chr3	35274616	35274619	4
Insertion	Chr9	13367940	13367941	2
Insertion	Chr3	5395598	5395603	6
Insertion	Chr3	15266466	15266466	1
Insertion	Chr3	30834296	30834301	6
Insertion	Chr5	2925037	2925050	14
Insertion	Chr5	7022961	7022966	6
Insertion	Chr6	12551051	12551051	1
Insertion	Chr9	4900406	4900406	1
Insertion	Chr11	6900686	6900687	2
Insertion	Chr11	25113040	25113053	14

Inversions: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr12	1373374	1402214
Inversion	Chr12	1373378	1402219
Inversion	Chr11	11660550	11660943
Inversion	Chr2	18582765	18583272
Inversion	Chr4	19612218	19612385	LOC_Os04g32580

Translocations: 19

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	3766431	Chr11	17795284
Translocation	Chr12	4788930	Chr3	16568136
Translocation	Chr11	5733929	Chr1	10234167
Translocation	Chr10	8110736	Chr1	16916018
Translocation	Chr12	8582249	Chr1	19169551	LOC_Os01g34760
Translocation	Chr11	10659256	Chr6	15618050
Translocation	Chr8	12890399	Chr5	26582797
Translocation	Chr8	12890406	Chr1	20080061
Translocation	Chr12	13923178	Chr2	19373260
Translocation	Chr12	14379827	Chr11	11845209	LOC_Os11g20460
Translocation	Chr12	15191193	Chr4	18885976
Translocation	Chr8	19371940	Chr7	20951359	LOC_Os08g31320
Translocation	Chr8	19372459	Chr7	20951362
Translocation	Chr8	20584384	Chr6	1072417
Translocation	Chr6	20931162	Chr1	22551268	LOC_Os06g35870
Translocation	Chr9	21260004	Chr8	24138969
Translocation	Chr11	22608900	Chr9	11816282
Translocation	Chr5	26005965	Chr1	33854332	2
Translocation	Chr11	27758202	Chr4	3130962

Main menu

You are here

Search Results