Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 60

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	11127742	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g19620
SBS	Chr1	18688777	C-T	HET
SBS	Chr1	18920304	G-C	HET
SBS	Chr1	19098605	C-T	HET
SBS	Chr1	25376193	T-G	HET
SBS	Chr1	25729301	T-C	HET
SBS	Chr1	26384071	C-T	HET
SBS	Chr1	26384082	G-A	HET
SBS	Chr1	3462330	A-T	HET
SBS	Chr1	34916998	G-A	HET
SBS	Chr1	37061561	T-A	HET
SBS	Chr1	41190065	C-T	HET
SBS	Chr1	41397136	C-T	HET
SBS	Chr1	7036708	G-A	HET
SBS	Chr10	11244843	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g21860
SBS	Chr10	12656697	G-A	HET
SBS	Chr10	12656700	G-T	HET
SBS	Chr10	1795342	C-T	HET
SBS	Chr10	19402610	C-T	HET
SBS	Chr10	22766780	C-A	HET
SBS	Chr10	7855800	T-C	HET
SBS	Chr11	10093089	C-T	HET
SBS	Chr12	12708738	C-A	HET
SBS	Chr12	16888102	T-C	HET
SBS	Chr2	15060144	A-T	HET
SBS	Chr2	26297635	G-A	HET
SBS	Chr2	33525142	C-T	HET
SBS	Chr2	34212409	G-T	HET
SBS	Chr2	4495796	A-G	HET
SBS	Chr2	8026734	T-A	HET
SBS	Chr3	14795365	A-G	HET
SBS	Chr3	23592016	C-T	HET
SBS	Chr3	23989092	C-T	HET
SBS	Chr3	23989098	C-T	HET
SBS	Chr3	30347681	G-A	HET
SBS	Chr4	12463836	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g22010
SBS	Chr4	16940965	A-G	HET
SBS	Chr4	17687619	G-C	HET
SBS	Chr4	20495884	C-A	Homo
SBS	Chr4	28570230	G-T	Homo
SBS	Chr4	28570231	T-A	Homo
SBS	Chr4	35133858	G-A	HET
SBS	Chr4	7205014	C-G	HET
SBS	Chr5	19378677	G-T	Homo
SBS	Chr5	3774372	A-G	HET
SBS	Chr6	16512091	T-C	HET
SBS	Chr6	2810472	G-A	HET
SBS	Chr6	30102058	T-C	HET
SBS	Chr6	4675446	T-C	HET
SBS	Chr6	7813173	T-C	HET
SBS	Chr6	9031784	A-T	HET
SBS	Chr7	18359116	T-C	HET
SBS	Chr7	6696147	T-C	HET
SBS	Chr7	708724	T-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g02230
SBS	Chr7	7643151	A-T	HET
SBS	Chr8	12231705	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g20359
SBS	Chr8	21207558	C-A	HET
SBS	Chr8	22114681	T-A	HET
SBS	Chr8	6834735	C-T	HET
SBS	Chr9	546360	A-T	HET

Deletions: 9

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	647001	687000	39999	6
Deletion	Chr8	8727100	8727101	1
Deletion	Chr12	11937971	11937978	7
Deletion	Chr2	14055189	14055190	1	LOC_Os02g24240
Deletion	Chr8	18542001	18637000	94999	15
Deletion	Chr6	19444377	19444382	5
Deletion	Chr11	26852862	26852863	1	LOC_Os11g44400
Deletion	Chr7	28235949	28235962	13
Deletion	Chr4	34580275	34580277	2

Insertions: 8

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	29606571	29606572	2
Insertion	Chr2	15267660	15267661	2
Insertion	Chr2	32726657	32726658	2
Insertion	Chr5	10211480	10211480	1
Insertion	Chr6	21038970	21039007	38
Insertion	Chr8	3327557	3327558	2
Insertion	Chr8	5415375	5415425	51
Insertion	Chr8	8130054	8130056	3

Inversions: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	3110471	3462190	2
Inversion	Chr1	3110481	3462204	2
Inversion	Chr8	17852750	18544516	LOC_Os08g29160
Inversion	Chr8	17852770	18638515	LOC_Os08g29160
Inversion	Chr7	25435373	25698896	2

Translocations: 9

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr6	2519950	Chr3	29797675	2
Translocation	Chr9	9226292	Chr7	25698904	2
Translocation	Chr9	9226300	Chr7	25435391
Translocation	Chr12	10395364	Chr6	11381808
Translocation	Chr12	10395480	Chr6	11378886
Translocation	Chr12	15890496	Chr6	2519956	2
Translocation	Chr12	15890887	Chr3	29798203	LOC_Os12g27096
Translocation	Chr8	17921490	Chr5	12103301	2
Translocation	Chr7	19449063	Chr1	12115016

Main menu