Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 39

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	26227797	G-A	HET
SBS	Chr1	31715795	G-T	Homo
SBS	Chr10	5932492	C-T	HET
SBS	Chr11	14355803	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g25190
SBS	Chr11	25720880	C-T	HET
SBS	Chr12	18234038	T-C	HET
SBS	Chr12	22274022	T-C	HET
SBS	Chr12	24789191	T-G	HET
SBS	Chr12	26609523	T-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g42820
SBS	Chr2	14987256	C-T	HET
SBS	Chr2	17711769	G-A	HET
SBS	Chr2	2437605	T-C	Homo
SBS	Chr2	29368572	G-C	Homo
SBS	Chr2	8858018	T-G	Homo
SBS	Chr3	16666833	G-T	HET
SBS	Chr3	32019136	G-A	HET
SBS	Chr3	35476277	T-C	HET
SBS	Chr3	3929172	C-T	HET
SBS	Chr3	9642635	C-G	Homo
SBS	Chr4	11046211	G-A	HET
SBS	Chr4	14628076	C-T	HET
SBS	Chr4	20237710	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g33400
SBS	Chr4	9273070	G-A	HET
SBS	Chr4	9762349	C-G	HET
SBS	Chr5	13147986	C-T	HET
SBS	Chr5	22815580	T-A	Homo
SBS	Chr5	26096812	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g44910
SBS	Chr5	29699295	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g51760
SBS	Chr7	6023317	G-C	HET
SBS	Chr8	18857382	G-T	HET
SBS	Chr8	20860725	G-A	HET
SBS	Chr8	25395471	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g40120
SBS	Chr8	3336764	T-A	HET
SBS	Chr8	4614843	A-G	HET
SBS	Chr8	6279818	G-A	HET
SBS	Chr9	12049711	C-T	HET
SBS	Chr9	12376820	G-T	HET
SBS	Chr9	19520235	T-G	Homo
SBS	Chr9	9366622	A-G	HET

Deletions: 14

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr11	240883	240886	3
Deletion	Chr2	2193469	2193473	4	LOC_Os02g04780
Deletion	Chr4	2403597	2403598	1
Deletion	Chr4	7756387	7756395	8
Deletion	Chr10	7969846	7969856	10
Deletion	Chr3	14293363	14293365	2
Deletion	Chr1	16201243	16201245	2
Deletion	Chr10	18925465	18925489	24	LOC_Os10g35400
Deletion	Chr5	20050820	20050821	1
Deletion	Chr10	21941471	21941473	2
Deletion	Chr2	22222270	22222271	1
Deletion	Chr2	26608218	26608222	4
Deletion	Chr3	28672758	28672762	4
Deletion	Chr5	29444791	29444792	1

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr11	5620482	5620486	5
Insertion	Chr7	1406972	1406972	1	LOC_Os07g03520
Insertion	Chr9	22431253	22431254	2

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr3	30421153	31171840

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr9	901889	Chr8	10765827
Translocation	Chr11	19200649	Chr9	4333970

Main menu