Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 52

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	11141027	G-A	HET
SBS	Chr1	12714160	G-A	HET
SBS	Chr1	25324327	T-G	HET
SBS	Chr1	27837219	C-A	HET
SBS	Chr1	2814299	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g05870
SBS	Chr1	5076331	C-T	HET
SBS	Chr1	6735501	C-T	HET
SBS	Chr10	1990547	A-T	Homo
SBS	Chr10	20227728	A-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g37800
SBS	Chr10	8724088	C-T	HET
SBS	Chr11	25808715	G-T	HET
SBS	Chr12	12545591	G-T	HET
SBS	Chr12	25270458	G-A	Homo
SBS	Chr12	26597781	A-T	HET
SBS	Chr2	11717785	G-A	HET
SBS	Chr2	17416133	A-G	HET
SBS	Chr2	28431987	C-T	HET
SBS	Chr2	31837521	A-G	HET
SBS	Chr2	6242324	A-G	HET
SBS	Chr3	21257518	C-T	HET
SBS	Chr3	2789681	A-T	HET
SBS	Chr3	34976008	A-T	HET
SBS	Chr3	34976009	C-T	HET
SBS	Chr3	34976011	A-T	HET
SBS	Chr3	34978514	A-C	HET
SBS	Chr3	35864305	C-T	HET
SBS	Chr3	6850469	G-A	HET
SBS	Chr3	7066102	C-A	HET
SBS	Chr4	13331636	G-A	HET
SBS	Chr4	14675646	A-G	HET
SBS	Chr4	15468649	C-T	HET
SBS	Chr4	15538740	G-T	HET
SBS	Chr4	19209642	T-A	HET
SBS	Chr4	21155572	C-T	HET
SBS	Chr4	6607265	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g12040
SBS	Chr4	8886309	G-C	HET
SBS	Chr5	12140692	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g20710
SBS	Chr5	16880398	C-T	HET
SBS	Chr5	17443722	T-C	Homo
SBS	Chr5	26333603	T-C	HET
SBS	Chr6	13082932	A-T	HET
SBS	Chr6	3073397	C-T	Homo
SBS	Chr6	5508146	T-G	HET
SBS	Chr6	8615563	T-G	HET
SBS	Chr6	9721124	C-T	HET
SBS	Chr7	11611151	T-A	HET
SBS	Chr7	17255735	G-T	HET
SBS	Chr7	2022207	G-A	HET
SBS	Chr8	26469576	C-G	HET
SBS	Chr8	7049914	G-A	Homo
SBS	Chr9	3186220	G-T	HET
SBS	Chr9	6895223	G-A	HET

Deletions: 22

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr12	753905	753907	2
Deletion	Chr7	2919214	2919227	13
Deletion	Chr8	3777490	3777506	16
Deletion	Chr2	3933768	3933769	1
Deletion	Chr11	4017652	4017661	9
Deletion	Chr6	5092425	5092429	4
Deletion	Chr11	6234910	6234911	1
Deletion	Chr4	6862302	6862307	5	LOC_Os04g12420
Deletion	Chr8	9626372	9626373	1
Deletion	Chr1	10596525	10596530	5
Deletion	Chr8	12281102	12281103	1	LOC_Os08g20470
Deletion	Chr7	12408684	12408693	9
Deletion	Chr3	12732676	12732682	6
Deletion	Chr11	14524091	14524093	2	LOC_Os11g25500
Deletion	Chr1	14994737	14994748	11
Deletion	Chr1	15429118	15429123	5	LOC_Os01g27660
Deletion	Chr2	17673812	17673821	9
Deletion	Chr1	18817661	18817662	1
Deletion	Chr11	20182569	20182572	3
Deletion	Chr5	21239428	21239429	1
Deletion	Chr1	31463780	31463781	1	LOC_Os01g54680
Deletion	Chr1	39197105	39197112	7

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr3	22882232	22882233	2
Insertion	Chr5	8092323	8092323	1

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr12	22027863	22906397
Inversion	Chr12	22027908	22906386

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	2843225	Chr1	15736482	LOC_Os11g06020
Translocation	Chr11	2845667	Chr6	21546565	2
Translocation	Chr11	27688464	Chr5	23584249	2

Main menu