Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 40

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	30684431	T-A	HET
SBS	Chr1	31846608	C-G	HET
SBS	Chr1	34107272	G-A	HET
SBS	Chr1	353935	G-A	HET
SBS	Chr1	40138279	G-A	HET
SBS	Chr1	40138280	G-A	HET
SBS	Chr1	42619382	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g73560
SBS	Chr1	9699517	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g16960
SBS	Chr10	14583687	C-T	HET
SBS	Chr10	1996294	A-T	HET
SBS	Chr10	5230712	C-T	HET
SBS	Chr10	6090494	A-C	HET
SBS	Chr11	8892783	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g15690
SBS	Chr12	24031882	A-T	Homo
SBS	Chr12	8680948	C-T	Homo
SBS	Chr12	9022903	G-C	Homo
SBS	Chr2	10946877	G-A	HET
SBS	Chr2	24078799	G-A	HET
SBS	Chr2	30923615	C-T	HET
SBS	Chr2	31089493	T-A	HET
SBS	Chr3	13165432	T-C	HET
SBS	Chr3	15346527	T-A	HET
SBS	Chr3	22097952	G-T	HET
SBS	Chr4	6931618	G-T	HET
SBS	Chr5	14539874	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g25100
SBS	Chr5	25845804	T-C	HET
SBS	Chr5	29386405	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g51240
SBS	Chr5	654899	A-T	HET
SBS	Chr5	6631639	A-T	Homo
SBS	Chr5	9282873	T-A	HET
SBS	Chr5	9914183	G-A	Homo
SBS	Chr7	10241632	C-T	HET
SBS	Chr7	13888177	C-A	HET
SBS	Chr7	7621672	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g13270
SBS	Chr8	17737193	A-G	HET
SBS	Chr8	17760275	G-T	HET
SBS	Chr9	130926	G-A	HET
SBS	Chr9	14849258	C-T	Homo
SBS	Chr9	14849259	G-T	Homo
SBS	Chr9	20817149	C-T	Homo

Deletions: 15

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	6600521	6600523	2
Deletion	Chr6	8136498	8136501	3
Deletion	Chr4	9449478	9449479	1
Deletion	Chr1	12232567	12232582	15	LOC_Os01g21810
Deletion	Chr7	12280422	12280426	4
Deletion	Chr6	13588544	13588554	10
Deletion	Chr8	15425609	15425613	4
Deletion	Chr6	17246667	17246669	2
Deletion	Chr12	19105001	19137000	31999	5
Deletion	Chr6	23246554	23246556	2
Deletion	Chr2	25025215	25025216	1
Deletion	Chr12	25626466	25626473	7
Deletion	Chr1	33346461	33346467	6
Deletion	Chr4	33805881	33805887	6
Deletion	Chr1	38043110	38043116	6

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	5067772	5067772	1
Insertion	Chr6	20805320	20805321	2

Inversions: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr7	4964582	5110510
Inversion	Chr7	4964586	5110527
Inversion	Chr1	9751080	10069521	LOC_Os01g17020
Inversion	Chr1	9751096	10069541	LOC_Os01g17020
Inversion	Chr2	10600624	11399456	LOC_Os02g18280
Inversion	Chr2	11399457	11757343	2
Inversion	Chr2	19855120	19855871

Translocations: 16

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr7	1241762	Chr1	39841277
Translocation	Chr12	1906043	Chr10	16663867	LOC_Os12g04480
Translocation	Chr12	6734899	Chr2	642272
Translocation	Chr10	8076019	Chr3	19906101	2
Translocation	Chr12	11359176	Chr10	17408074
Translocation	Chr12	11367884	Chr10	17408075	LOC_Os12g19549
Translocation	Chr7	11777047	Chr6	15632113
Translocation	Chr4	13225957	Chr1	40129372	2
Translocation	Chr4	13226894	Chr1	40129399	2
Translocation	Chr10	16661552	Chr2	642285
Translocation	Chr12	19105319	Chr4	26322263
Translocation	Chr12	19119410	Chr4	26322251	LOC_Os12g31770
Translocation	Chr12	19119411	Chr1	38510217	2
Translocation	Chr12	19134955	Chr1	38510224	2
Translocation	Chr8	22899525	Chr1	31212533
Translocation	Chr8	22901520	Chr1	31212556

Main menu