Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 57

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	11750813	G-C	HET
SBS	Chr1	24411672	C-G	HET
SBS	Chr1	32691789	C-A	HET
SBS	Chr1	33735448	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g58390
SBS	Chr1	3441419	G-A	HET
SBS	Chr1	35743980	T-A	HET
SBS	Chr1	8474938	T-C	HET
SBS	Chr10	18718866	T-C	HET
SBS	Chr10	3920303	C-T	HET
SBS	Chr11	15198339	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g26520
SBS	Chr11	17007771	G-T	HET
SBS	Chr11	21205721	T-C	HET
SBS	Chr11	26445132	C-A	HET
SBS	Chr11	3680662	C-T	HET
SBS	Chr11	9843842	C-T	HET
SBS	Chr12	15327672	T-C	HET
SBS	Chr12	17103184	C-T	HET
SBS	Chr12	9738044	T-G	HET
SBS	Chr2	15266016	T-A	HET
SBS	Chr2	17736856	C-T	HET
SBS	Chr2	23156622	T-G	HET
SBS	Chr3	10766087	A-G	HET
SBS	Chr3	17183689	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g30110
SBS	Chr3	22877158	G-A	Homo
SBS	Chr3	34573163	G-T	Homo
SBS	Chr4	11932894	A-C	Homo
SBS	Chr4	1270874	T-C	HET
SBS	Chr4	27234594	G-A	HET
SBS	Chr4	32017232	C-T	HET
SBS	Chr4	32043058	T-C	HET
SBS	Chr4	33678390	A-T	HET
SBS	Chr5	23021116	C-T	HET
SBS	Chr5	23390839	G-A	HET
SBS	Chr5	28539387	C-T	Homo
SBS	Chr6	12603543	C-T	Homo
SBS	Chr6	25764991	C-T	HET
SBS	Chr6	6647001	G-A	HET
SBS	Chr6	6973100	T-A	HET
SBS	Chr6	7616684	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g13740
SBS	Chr7	12369042	G-A	Homo
SBS	Chr7	18745419	G-T	Homo
SBS	Chr7	23490347	G-A	Homo
SBS	Chr7	27935463	T-C	HET
SBS	Chr7	7871800	T-A	HET
SBS	Chr7	8839721	C-T	HET
SBS	Chr7	8840138	G-A	Homo
SBS	Chr8	11101901	G-A	HET
SBS	Chr8	11371322	G-A	HET
SBS	Chr8	20694235	G-A	HET
SBS	Chr8	21515561	A-T	HET
SBS	Chr8	26987539	G-A	Homo
SBS	Chr8	28277486	C-T	Homo
SBS	Chr8	5953356	C-T	HET
SBS	Chr8	9095588	T-C	HET
SBS	Chr9	3489617	G-A	HET
SBS	Chr9	5893752	G-A	HET
SBS	Chr9	6172650	G-A	HET

Deletions: 19

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr7	2662527	2662530	3
Deletion	Chr6	3469901	3469908	7
Deletion	Chr6	5508733	5508734	1
Deletion	Chr7	5684918	5684922	4	LOC_Os07g10530
Deletion	Chr7	5981458	5981468	10
Deletion	Chr5	6679764	6679765	1
Deletion	Chr1	8981476	8981484	8
Deletion	Chr5	9188123	9188136	13
Deletion	Chr12	11749560	11749565	5
Deletion	Chr8	13266001	13462000	195999	24
Deletion	Chr6	13642453	13642460	7
Deletion	Chr4	17658553	17658554	1
Deletion	Chr7	18542653	18542663	10
Deletion	Chr3	19414789	19414803	14
Deletion	Chr9	20977314	20977320	6
Deletion	Chr12	23860802	23860803	1	LOC_Os12g38830
Deletion	Chr2	24935086	24935088	2	LOC_Os02g41580
Deletion	Chr5	25423076	25423077	1	LOC_Os05g43730
Deletion	Chr4	27305470	27305471	1

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr12	24546132	24546132	1
Insertion	Chr3	9829605	9829608	4
Insertion	Chr6	9427618	9427619	2

No Inversion

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr9	2321503	Chr4	12931322	LOC_Os09g04384
Translocation	Chr8	10828772	Chr4	21079484

Main menu