Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 53

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	35777155	T-G	HET
SBS	Chr1	5372320	A-T	HET
SBS	Chr1	7077226	T-A	HET
SBS	Chr10	12429467	A-T	HET
SBS	Chr10	1261342	G-C	HET
SBS	Chr10	20628177	G-T	HET
SBS	Chr10	2437289	C-T	HET
SBS	Chr10	4827129	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g08920
SBS	Chr10	8412596	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g16880
SBS	Chr10	9088569	T-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g17950
SBS	Chr10	9531671	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g18740
SBS	Chr11	11974037	C-T	HET
SBS	Chr11	17860464	G-A	HET
SBS	Chr11	18062055	G-C	HET
SBS	Chr11	9837952	G-A	HET
SBS	Chr12	11079043	C-T	HET
SBS	Chr12	17683833	G-A	HET
SBS	Chr12	26114854	C-A	HET
SBS	Chr12	2838047	G-A	HET
SBS	Chr2	11330899	C-T	HET
SBS	Chr2	26350002	T-C	HET
SBS	Chr2	34492717	T-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g56350
SBS	Chr2	34768141	G-C	HET
SBS	Chr2	6358439	C-T	HET
SBS	Chr2	7831349	C-G	HET
SBS	Chr3	10308797	T-A	HET
SBS	Chr3	21766880	G-T	HET
SBS	Chr3	33496738	C-T	HET
SBS	Chr4	20195814	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g33350
SBS	Chr4	23724615	G-A	HET
SBS	Chr4	7096917	C-G	HET
SBS	Chr4	7181104	C-T	HET
SBS	Chr4	9477843	C-A	HET
SBS	Chr5	11297071	T-C	Homo
SBS	Chr5	22810958	A-G	HET
SBS	Chr5	28160403	G-T	HET
SBS	Chr5	28472772	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g49620
SBS	Chr6	10698379	C-T	HET
SBS	Chr6	27912934	G-A	HET
SBS	Chr6	28787460	G-A	Homo
SBS	Chr7	12309407	C-T	HET
SBS	Chr7	15035128	G-A	HET
SBS	Chr7	15385328	T-C	HET
SBS	Chr7	15577405	A-T	HET
SBS	Chr7	20353357	A-G	HET
SBS	Chr7	21240030	C-T	HET
SBS	Chr7	26867085	C-T	HET
SBS	Chr8	16242865	A-T	HET
SBS	Chr8	17681852	C-G	HET
SBS	Chr8	18391490	G-C	Homo
SBS	Chr8	19742921	T-C	HET
SBS	Chr8	5062470	C-T	HET
SBS	Chr8	8753603	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g14560

Deletions: 28

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr7	591392	591400	8
Deletion	Chr12	933460	933462	2
Deletion	Chr1	943420	943425	5	LOC_Os01g02740
Deletion	Chr9	2398191	2398195	4
Deletion	Chr3	2884824	2884825	1	LOC_Os03g05780
Deletion	Chr1	7962537	7962544	7
Deletion	Chr1	8117645	8117657	12	LOC_Os01g14490
Deletion	Chr6	8445773	8445784	11	LOC_Os06g14850
Deletion	Chr12	9651718	9651722	4
Deletion	Chr3	11310152	11310186	34
Deletion	Chr2	11485486	11485489	3	LOC_Os02g19650
Deletion	Chr6	15350865	15350868	3	LOC_Os06g26234
Deletion	Chr2	15357615	15357628	13
Deletion	Chr10	16842299	16842304	5	LOC_Os10g32060
Deletion	Chr10	19471199	19471207	8
Deletion	Chr8	19860654	19860662	8
Deletion	Chr7	20872822	20872823	1
Deletion	Chr4	21905216	21905217	1
Deletion	Chr5	22369446	22369450	4
Deletion	Chr1	22680227	22680228	1
Deletion	Chr5	22852033	22852034	1
Deletion	Chr7	25254692	25254693	1
Deletion	Chr8	26352924	26352925	1
Deletion	Chr2	27443710	27443712	2
Deletion	Chr4	28278665	28278880	215	LOC_Os04g47650
Deletion	Chr1	30696571	30696580	9	LOC_Os01g53430
Deletion	Chr3	32641582	32641584	2
Deletion	Chr1	33318691	33318696	5	LOC_Os01g57630

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	17442466	17442470	5
Insertion	Chr6	19387623	19387623	1	LOC_Os06g33300
Insertion	Chr7	1308318	1308335	18
Insertion	Chr9	8917715	8917717	3

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr11	10695745	11254629	LOC_Os11g18830
Inversion	Chr11	10695749	11254647	LOC_Os11g18830

Translocations: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	21612530	Chr6	25743074	2

Main menu