Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2785-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2785-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 55

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	1509169	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g03660
SBS	Chr1	23214690	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g41000
SBS	Chr1	24744468	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g43300
SBS	Chr1	42013764	T-C	HET
SBS	Chr1	7617379	A-G	HET
SBS	Chr10	14317354	C-T	HET
SBS	Chr10	16555521	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g31590
SBS	Chr10	2731554	G-C	HET
SBS	Chr10	7330545	C-G	HET
SBS	Chr11	12897101	G-A	HET
SBS	Chr11	14569501	C-T	HET
SBS	Chr11	14573368	C-T	HET
SBS	Chr11	21087054	A-C	HET
SBS	Chr11	21201812	A-C	HET
SBS	Chr11	26845765	C-T	HET
SBS	Chr11	7761165	G-A	HET
SBS	Chr11	9678464	A-G	HET
SBS	Chr12	16675240	G-T	HET
SBS	Chr12	19828183	T-A	HET
SBS	Chr2	1261592	A-C	HET
SBS	Chr2	13241345	T-A	HET
SBS	Chr2	13241346	C-A	HET
SBS	Chr2	15990259	T-A	HET
SBS	Chr2	19878326	C-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os02g33440
SBS	Chr2	22780769	G-A	HET
SBS	Chr2	32847064	G-A	HET
SBS	Chr2	34555016	A-G	HET
SBS	Chr2	3892698	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g07520
SBS	Chr2	7913172	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g14410
SBS	Chr3	10344021	G-T	HET
SBS	Chr3	13328022	T-A	HET
SBS	Chr3	21716990	C-T	HET
SBS	Chr3	21716991	C-T	HET
SBS	Chr3	31311879	G-T	HET
SBS	Chr4	29050025	C-A	HET
SBS	Chr4	29247289	G-T	HET
SBS	Chr4	9626315	G-A	Homo
SBS	Chr5	17472787	G-A	HET
SBS	Chr6	14631535	G-A	Homo
SBS	Chr6	15688165	C-A	HET
SBS	Chr6	16917794	T-A	Homo
SBS	Chr6	24681512	G-T	HET
SBS	Chr6	25473828	C-T	HET
SBS	Chr6	29973101	C-T	HET
SBS	Chr6	3227090	T-A	HET
SBS	Chr7	16732701	G-A	HET
SBS	Chr7	18486799	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g31230
SBS	Chr7	26835152	G-A	HET
SBS	Chr7	6865699	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g12250
SBS	Chr7	834391	G-A	HET
SBS	Chr8	7109305	C-A	HET
SBS	Chr8	820179	A-C	HET
SBS	Chr9	11081648	C-T	HET
SBS	Chr9	13237020	G-A	HET
SBS	Chr9	365120	G-A	HET

Deletions: 12

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr11	1633135	1633137	2
Deletion	Chr8	3197341	3197347	6
Deletion	Chr2	6586019	6586020	1
Deletion	Chr7	6971696	6971698	2
Deletion	Chr12	11137001	11184000	46999	11
Deletion	Chr9	13719565	13719576	11
Deletion	Chr3	16039365	16039367	2
Deletion	Chr9	22568364	22568376	12	LOC_Os09g39270
Deletion	Chr3	23512723	23512724	1
Deletion	Chr4	24751001	24760000	8999	3
Deletion	Chr1	29822129	29822130	1
Deletion	Chr1	42047097	42047098	1

Insertions: 1

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	12943218	12943218	1

Inversions: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr8	2056679	2293096	2
Inversion	Chr2	5449869	5633871
Inversion	Chr2	5449876	5633883
Inversion	Chr4	24608730	24749951
Inversion	Chr4	24608746	24760054	2

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	3680107	Chr8	1215904
Translocation	Chr9	8398273	Chr2	25035289

Main menu

You are here

Search Nipponbare