Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2788-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2788-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 73

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	14258265	T-G	HET
SBS	Chr1	182686	G-T	Homo
SBS	Chr1	18790853	G-T	HET
SBS	Chr10	13203684	G-A	HET
SBS	Chr10	14301508	C-T	HET
SBS	Chr10	16226553	G-A	HET
SBS	Chr10	16502056	G-A	HET
SBS	Chr10	19547447	T-G	HET
SBS	Chr10	2282791	G-T	HET
SBS	Chr10	6749024	C-T	HET
SBS	Chr10	6859394	C-A	HET
SBS	Chr10	8505378	G-T	HET
SBS	Chr11	10189601	G-T	HET
SBS	Chr11	19300598	C-T	HET
SBS	Chr11	20988228	C-T	Homo
SBS	Chr12	21841571	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g35840
SBS	Chr12	23204788	C-T	HET
SBS	Chr2	29515374	G-A	HET
SBS	Chr2	31878449	A-G	HET
SBS	Chr2	32339123	G-C	Homo
SBS	Chr2	34890076	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g56920
SBS	Chr2	4242185	T-C	HET
SBS	Chr2	9820728	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g17140
SBS	Chr3	12671581	G-A	HET
SBS	Chr3	13233194	A-G	HET
SBS	Chr3	14002053	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g24580
SBS	Chr3	14396025	C-A	HET
SBS	Chr3	17243194	C-G	HET
SBS	Chr3	20634471	C-T	HET
SBS	Chr3	21610454	C-G	HET
SBS	Chr3	24670765	C-T	HET
SBS	Chr3	2478103	G-A	HET
SBS	Chr3	24965459	A-T	Homo
SBS	Chr3	6361076	G-T	Homo
SBS	Chr3	9191095	T-A	HET
SBS	Chr4	16799533	G-C	HET
SBS	Chr4	24171590	C-A	HET
SBS	Chr4	25955513	C-A	HET
SBS	Chr4	34275717	A-T	Homo
SBS	Chr5	13334365	C-A	HET
SBS	Chr5	13737048	G-C	HET
SBS	Chr5	17487617	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g30170
SBS	Chr6	12795361	G-C	HET
SBS	Chr6	13804382	C-G	HET
SBS	Chr6	14728618	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g25170
SBS	Chr6	1665142	C-G	HET
SBS	Chr6	19932311	G-T	HET
SBS	Chr6	24277222	C-T	HET
SBS	Chr6	24326378	T-C	Homo
SBS	Chr6	3118418	G-A	HET
SBS	Chr7	11489776	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g19420
SBS	Chr7	16418584	G-A	HET
SBS	Chr7	2372748	T-C	HET
SBS	Chr7	24047961	C-T	HET
SBS	Chr7	26353287	A-G	HET
SBS	Chr7	26526714	G-A	HET
SBS	Chr7	27319633	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g45760
SBS	Chr7	3464667	G-A	HET
SBS	Chr7	6716356	C-T	HET
SBS	Chr8	12709615	G-A	HET
SBS	Chr8	22540138	C-A	HET
SBS	Chr8	28126094	G-A	Homo
SBS	Chr8	4855378	G-A	HET
SBS	Chr8	5670931	G-A	HET
SBS	Chr8	5802575	G-C	HET
SBS	Chr8	8050982	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g13540
SBS	Chr8	9721989	T-A	HET
SBS	Chr9	15988146	G-A	HET
SBS	Chr9	16374105	C-T	HET
SBS	Chr9	17945055	G-T	HET
SBS	Chr9	4621560	A-G	Homo
SBS	Chr9	7046247	C-A	HET
SBS	Chr9	9676857	G-T	HET

Deletions: 18

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr6	11497	11502	5
Deletion	Chr6	203050	203051	1
Deletion	Chr8	1478001	1504000	25999	5
Deletion	Chr12	2009185	2009186	1
Deletion	Chr7	2334254	2334264	10
Deletion	Chr3	3162283	3162287	4
Deletion	Chr3	3164001	3188000	23999	6
Deletion	Chr9	6084473	6084486	13
Deletion	Chr10	10931315	10931316	1
Deletion	Chr7	11308437	11308438	1
Deletion	Chr10	15937001	15953000	15999	3
Deletion	Chr10	15966001	15981000	14999	2
Deletion	Chr10	15984001	16166000	181999	25
Deletion	Chr8	19292112	19292121	9
Deletion	Chr11	22813039	22813044	5
Deletion	Chr1	25004363	25004367	4
Deletion	Chr5	25030682	25030693	11	LOC_Os05g43110
Deletion	Chr3	34367168	34367169	1	LOC_Os03g60440

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr11	14263808	14263813	6
Insertion	Chr8	3440186	3440186	1
Insertion	Chr9	17817421	17817430	10

Inversions: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	14894900	15583075	2
Inversion	Chr1	14894904	15583081	2
Inversion	Chr4	21347807	21350543	2
Inversion	Chr4	21348389	21350547	2
Inversion	Chr12	26452000	26475130	LOC_Os12g42590
Inversion	Chr1	34306228	34330714	LOC_Os01g59340
Inversion	Chr1	34306231	34330715	LOC_Os01g59340

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	9237401	Chr7	2102391	2
Translocation	Chr10	15933752	Chr7	26828156	LOC_Os10g30610
Translocation	Chr12	20623459	Chr3	13645127	LOC_Os12g34094
Translocation	Chr12	26451998	Chr6	28107955	LOC_Os12g42590

Main menu

You are here

Search Nipponbare