Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2791-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2791-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 77

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	16324777	T-C	HET
SBS	Chr1	31791955	C-A	HET
SBS	Chr1	33620547	T-C	HET
SBS	Chr1	41639394	G-A	HET
SBS	Chr1	6736032	A-T	HET
SBS	Chr1	9853058	G-A	Homo
SBS	Chr10	12996454	A-G	HET
SBS	Chr10	1325936	C-A	HET
SBS	Chr10	20542303	A-T	Homo
SBS	Chr10	805735	A-G	Homo
SBS	Chr11	19296106	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g32680
SBS	Chr11	2220782	T-C	HET
SBS	Chr11	25822062	C-G	HET
SBS	Chr11	2758408	G-A	HET
SBS	Chr11	2758409	C-A	HET
SBS	Chr11	3613750	G-A	HET
SBS	Chr11	7099028	T-C	HET
SBS	Chr12	13485303	C-A	HET
SBS	Chr12	14175635	T-C	HET
SBS	Chr12	14310145	C-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os12g24920
SBS	Chr12	16328138	C-A	HET
SBS	Chr12	24292443	T-C	HET
SBS	Chr12	8306219	T-C	HET
SBS	Chr2	12547730	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g21130
SBS	Chr2	14987686	C-T	HET
SBS	Chr2	16080524	G-A	HET
SBS	Chr2	17350160	G-A	HET
SBS	Chr2	17847098	A-T	HET
SBS	Chr2	25806516	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g42910
SBS	Chr3	11294652	T-G	HET
SBS	Chr3	16598076	T-A	HET
SBS	Chr3	19274740	G-A	HET
SBS	Chr3	20132792	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g36290
SBS	Chr3	20230246	C-T	HET
SBS	Chr3	21707060	G-A	HET
SBS	Chr3	22196267	C-A	Homo
SBS	Chr3	22509174	G-A	HET
SBS	Chr3	22804904	A-C	HET
SBS	Chr3	26910517	A-C	HET
SBS	Chr3	882858	C-A	HET
SBS	Chr4	11089186	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g19890
SBS	Chr4	14546746	G-A	HET
SBS	Chr4	20364495	G-A	HET
SBS	Chr4	20685743	C-G	HET
SBS	Chr4	27956731	T-C	HET
SBS	Chr4	5118540	T-A	HET
SBS	Chr4	8384585	A-G	HET
SBS	Chr5	14125802	G-A	HET
SBS	Chr5	17092956	T-G	HET
SBS	Chr5	24619746	A-T	HET
SBS	Chr5	29761573	G-A	HET
SBS	Chr5	5176238	C-T	HET
SBS	Chr5	6275049	T-G	HET
SBS	Chr6	1043120	A-T	HET
SBS	Chr6	16900607	C-T	HET
SBS	Chr6	25075024	G-A	HET
SBS	Chr6	27929379	A-T	HET
SBS	Chr6	8016006	G-A	HET
SBS	Chr6	8643911	G-T	HET
SBS	Chr7	13681933	C-T	Homo
SBS	Chr7	17029413	C-A	HET
SBS	Chr7	22700743	C-T	HET
SBS	Chr7	24317562	A-G	HET
SBS	Chr8	1200490	G-A	HET
SBS	Chr8	13495721	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g22380
SBS	Chr8	21284557	C-T	HET
SBS	Chr8	23784644	C-T	HET
SBS	Chr8	2661450	G-A	HET
SBS	Chr8	28278677	C-A	HET
SBS	Chr8	28324760	T-C	HET
SBS	Chr8	9788823	C-T	HET
SBS	Chr9	1123891	T-A	HET
SBS	Chr9	12090953	T-C	HET
SBS	Chr9	1316592	G-C	HET
SBS	Chr9	17012595	C-G	HET
SBS	Chr9	17050486	C-T	HET
SBS	Chr9	5231848	G-T	HET

Deletions: 16

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr1	1201833	1201834	1
Deletion	Chr11	4098330	4098331	1	LOC_Os11g07930
Deletion	Chr3	5431038	5431039	1
Deletion	Chr5	6581142	6581146	4
Deletion	Chr5	8296722	8296725	3	LOC_Os05g14560
Deletion	Chr6	8347805	8347814	9
Deletion	Chr9	8453008	8453010	2
Deletion	Chr3	9956500	9956501	1
Deletion	Chr10	16466681	16466684	3
Deletion	Chr10	20541063	20541073	10
Deletion	Chr2	25531411	25531415	4
Deletion	Chr2	27926108	27926110	2
Deletion	Chr7	28013342	28013346	4
Deletion	Chr2	30580596	30580597	1	LOC_Os02g50060
Deletion	Chr3	33412093	33412094	1
Deletion	Chr3	35010738	35010739	1	LOC_Os03g61760

Insertions: 1

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr11	6489488	6489488	1

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr9	10743295	11216947	2

Translocations: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr9	10743292	Chr6	1763471

Main menu

You are here

Search Nipponbare