Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2794-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2794-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 64

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	11154289	G-A	HET
SBS	Chr1	11904514	C-A	HET
SBS	Chr1	12733282	T-C	HET
SBS	Chr1	15558380	C-T	HET
SBS	Chr1	27509751	C-A	HET
SBS	Chr1	35972575	T-C	HET
SBS	Chr1	36782851	T-C	Homo
SBS	Chr10	12380660	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g24160
SBS	Chr10	1839352	C-T	HET
SBS	Chr10	2709203	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g05490
SBS	Chr10	615646	C-T	HET
SBS	Chr11	10598953	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g18710
SBS	Chr11	11410781	T-C	Homo
SBS	Chr11	14897668	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g26040
SBS	Chr11	18636220	C-T	HET
SBS	Chr11	3916394	G-A	HET
SBS	Chr11	5164702	T-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g09670
SBS	Chr12	17052854	T-C	HET
SBS	Chr12	22831527	C-T	HET
SBS	Chr12	25814013	T-G	Homo
SBS	Chr12	5628874	C-A	HET
SBS	Chr12	9884450	G-A	HET
SBS	Chr2	16160754	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g27430
SBS	Chr2	16351820	C-A	HET
SBS	Chr2	24900306	T-A	HET
SBS	Chr2	26164165	T-C	Homo
SBS	Chr2	32240475	C-T	HET
SBS	Chr2	8392157	C-T	Homo
SBS	Chr2	9948569	G-A	HET
SBS	Chr3	18232244	G-A	HET
SBS	Chr3	19026047	T-C	HET
SBS	Chr3	19942313	C-A	HET
SBS	Chr3	23552634	C-T	HET
SBS	Chr3	283680	G-A	HET
SBS	Chr3	447786	C-T	HET
SBS	Chr3	896284	C-G	HET
SBS	Chr4	17165365	C-T	HET
SBS	Chr4	20639682	C-A	HET
SBS	Chr4	24634842	T-C	HET
SBS	Chr4	2503824	C-T	HET
SBS	Chr4	35237826	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g59250
SBS	Chr4	4991434	T-G	Homo
SBS	Chr4	9304873	C-T	Homo
SBS	Chr5	112678	A-G	HET
SBS	Chr5	17348932	T-C	HET
SBS	Chr5	23346753	G-A	HET
SBS	Chr5	7573941	A-T	HET
SBS	Chr5	821863	T-A	HET
SBS	Chr6	24136675	T-A	Homo
SBS	Chr6	25618470	G-A	Homo
SBS	Chr6	27603628	T-A	Homo
SBS	Chr7	10604725	C-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os07g17920
SBS	Chr7	13217630	A-G	HET
SBS	Chr7	3722437	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g07470
SBS	Chr8	12144301	C-G	HET
SBS	Chr8	2235835	G-T	Homo
SBS	Chr8	3162053	A-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g05870
SBS	Chr8	693747	C-T	Homo
SBS	Chr9	1360643	G-T	HET
SBS	Chr9	15273474	A-T	Homo
SBS	Chr9	18759470	C-A	HET
SBS	Chr9	19216828	T-A	HET
SBS	Chr9	21990715	C-T	Homo
SBS	Chr9	5417995	C-T	HET

Deletions: 15

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr8	3851909	3851916	7
Deletion	Chr10	8111993	8111995	2
Deletion	Chr10	9713150	9713153	3
Deletion	Chr7	10269987	10269994	7
Deletion	Chr11	12708163	12708186	23	LOC_Os11g22154
Deletion	Chr10	13305296	13305297	1
Deletion	Chr9	14139685	14139691	6
Deletion	Chr2	14445632	14445654	22
Deletion	Chr5	15990360	15990362	2
Deletion	Chr8	17143913	17143922	9
Deletion	Chr11	23657300	23657301	1
Deletion	Chr12	24889001	24896000	6999	LOC_Os12g40210
Deletion	Chr11	26560539	26560540	1	LOC_Os11g43970
Deletion	Chr6	28213001	28227000	13999	LOC_Os06g46480
Deletion	Chr2	28665011	28665012	1	LOC_Os02g46950

Insertions: 1

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	41363952	41363953	2

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr12	24804348	25039531
Inversion	Chr12	24975851	25039008	LOC_Os12g40340
Inversion	Chr3	26211805	26628322
Inversion	Chr3	26211806	26628323

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr6	7342502	Chr4	34300505	2
Translocation	Chr7	10670713	Chr4	9287418
Translocation	Chr12	25039520	Chr6	7346087	2

Main menu

You are here

Search Nipponbare