Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN2795-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN2795-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 65

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	15804025	T-A	HET
SBS	Chr1	15896428	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g28370
SBS	Chr1	16241205	G-T	HET
SBS	Chr1	16709369	G-A	HET
SBS	Chr1	19448887	G-T	HET
SBS	Chr1	22709212	T-A	Homo
SBS	Chr1	30290364	G-T	HET
SBS	Chr10	1468130	A-C	HET
SBS	Chr10	3752696	G-A	HET
SBS	Chr11	11979986	G-T	HET
SBS	Chr11	20546670	G-C	HET
SBS	Chr11	20998738	G-T	HET
SBS	Chr11	22217528	G-T	HET
SBS	Chr11	4374351	C-T	HET
SBS	Chr11	4374352	T-C	HET
SBS	Chr11	4416903	A-G	HET
SBS	Chr11	9549510	T-A	HET
SBS	Chr12	10251946	G-T	HET
SBS	Chr12	14069421	G-A	HET
SBS	Chr12	17642706	C-T	HET
SBS	Chr12	24539957	C-T	Homo
SBS	Chr2	10194831	C-A	HET
SBS	Chr2	14039614	G-T	HET
SBS	Chr2	2495545	G-A	HET
SBS	Chr2	9914387	G-A	HET
SBS	Chr3	25827741	G-T	HET
SBS	Chr3	30920396	T-A	HET
SBS	Chr4	10166406	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g18410
SBS	Chr4	13491223	G-A	HET
SBS	Chr4	149339	G-C	HET
SBS	Chr4	2146823	G-A	HET
SBS	Chr4	24045950	G-A	HET
SBS	Chr4	7565470	G-T	HET
SBS	Chr4	8998768	C-T	HET
SBS	Chr5	14025559	A-T	Homo
SBS	Chr5	14025560	G-T	Homo
SBS	Chr5	15400605	G-A	HET
SBS	Chr5	16088362	T-C	Homo
SBS	Chr5	24618049	G-A	HET
SBS	Chr5	26917165	A-T	HET
SBS	Chr5	27940643	T-C	HET
SBS	Chr5	3177772	G-T	HET
SBS	Chr5	4491165	C-T	HET
SBS	Chr5	9881393	A-T	HET
SBS	Chr5	9881394	G-A	HET
SBS	Chr6	22288501	G-T	Homo
SBS	Chr6	23658054	G-T	HET
SBS	Chr6	2450003	C-A	HET
SBS	Chr6	2648033	C-T	HET
SBS	Chr6	3982552	A-G	HET
SBS	Chr7	24134553	G-T	HET
SBS	Chr8	14400145	G-T	HET
SBS	Chr8	161509	T-C	Homo
SBS	Chr8	21521246	C-T	HET
SBS	Chr8	26041723	C-T	HET
SBS	Chr8	26792846	G-A	HET
SBS	Chr8	2852501	G-T	HET
SBS	Chr8	3456889	G-T	HET
SBS	Chr8	7641941	C-T	HET
SBS	Chr8	7823297	G-A	HET
SBS	Chr9	14946054	C-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os09g25010
SBS	Chr9	15554983	T-C	HET
SBS	Chr9	17277792	C-A	HET
SBS	Chr9	21539246	C-A	HET
SBS	Chr9	6343340	C-G	HET

Deletions: 24

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr11	1929098	1929105	7
Deletion	Chr8	3117905	3117909	4
Deletion	Chr5	3235474	3235491	17
Deletion	Chr12	3378820	3378821	1
Deletion	Chr8	5845278	5845279	1
Deletion	Chr11	11710968	11710971	3	LOC_Os11g20270
Deletion	Chr10	12446001	12703000	256999	40
Deletion	Chr10	12705001	12988000	282999	41
Deletion	Chr4	13449001	13481000	31999	4
Deletion	Chr7	14161198	14161202	4	LOC_Os07g24910
Deletion	Chr2	14627001	14639000	11999	2
Deletion	Chr9	16771614	16771641	27
Deletion	Chr4	20520982	20520983	1
Deletion	Chr10	21565347	21565351	4
Deletion	Chr11	21709646	21709647	1
Deletion	Chr1	22709001	22725000	15999	LOC_Os01g40250
Deletion	Chr6	25262671	25262672	1
Deletion	Chr11	25824920	25824945	25
Deletion	Chr4	26198785	26198786	1
Deletion	Chr1	26992067	26992096	29	LOC_Os01g47240
Deletion	Chr11	27110835	27110837	2
Deletion	Chr6	28326001	28340000	13999	2
Deletion	Chr2	31105937	31105950	13
Deletion	Chr2	34955412	34955416	4

Insertions: 1

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr2	26109535	26109536	2

No Inversion

Translocations: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr6	4162371	Chr1	19825688	2
Translocation	Chr7	6388066	Chr6	4161906	2
Translocation	Chr8	15272138	Chr3	1269592
Translocation	Chr9	19797986	Chr6	4874166	2
Translocation	Chr9	19798463	Chr8	26888349	2
Translocation	Chr9	19798465	Chr8	26887481	LOC_Os09g33559
Translocation	Chr8	27804340	Chr2	15724697	2

Main menu

You are here

Search Nipponbare