Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 47

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10383884	A-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g18470
SBS	Chr1	19914456	G-A	HET
SBS	Chr1	26933308	G-T	HET
SBS	Chr10	10485415	G-A	HET
SBS	Chr10	14683310	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g28240
SBS	Chr10	15721673	G-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g30260
SBS	Chr10	20577099	G-A	HET
SBS	Chr10	4433744	T-A	HET
SBS	Chr11	15795434	G-A	HET
SBS	Chr11	22508400	G-T	HET
SBS	Chr12	7922678	A-C	Homo
SBS	Chr2	14894465	G-A	Homo
SBS	Chr2	15418111	A-G	Homo
SBS	Chr2	20711254	G-A	Homo
SBS	Chr2	24023275	G-T	HET
SBS	Chr2	28465158	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g46640
SBS	Chr2	30495992	G-A	Homo
SBS	Chr3	23478195	G-A	HET
SBS	Chr3	31393996	A-G	HET
SBS	Chr3	31914769	G-T	HET
SBS	Chr3	34068309	G-T	HET
SBS	Chr4	10167231	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g18410
SBS	Chr4	17696887	G-A	HET
SBS	Chr4	19047332	A-G	HET
SBS	Chr4	22096141	T-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g36630
SBS	Chr4	27876721	G-T	HET
SBS	Chr4	27876722	G-T	HET
SBS	Chr5	10570952	G-A	HET
SBS	Chr5	22562896	G-A	Homo
SBS	Chr5	22684462	C-A	HET
SBS	Chr5	4474327	C-T	HET
SBS	Chr5	5398187	C-A	HET
SBS	Chr6	13397345	G-T	HET
SBS	Chr6	14790591	A-G	HET
SBS	Chr6	20438305	A-G	HET
SBS	Chr6	2645368	G-A	Homo
SBS	Chr6	8772049	G-A	HET
SBS	Chr7	10543743	C-T	HET
SBS	Chr7	16322662	T-A	HET
SBS	Chr7	320168	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g01510
SBS	Chr8	11836986	C-T	HET
SBS	Chr8	19580680	T-C	HET
SBS	Chr8	24461733	C-A	HET
SBS	Chr8	25904221	A-T	HET
SBS	Chr8	615049	A-T	HET
SBS	Chr8	6406075	A-T	HET
SBS	Chr8	8320529	A-G	HET

Deletions: 19

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr10	935162	935163	1
Deletion	Chr5	1331093	1331113	20	LOC_Os05g03280
Deletion	Chr4	2537391	2537398	7
Deletion	Chr5	3264681	3264682	1
Deletion	Chr1	3673986	3673991	5
Deletion	Chr5	5462001	5474000	11999	4
Deletion	Chr11	8045328	8045329	1
Deletion	Chr10	13020747	13020758	11
Deletion	Chr2	14295770	14295789	19
Deletion	Chr7	15182113	15182121	8
Deletion	Chr2	15408875	15408882	7
Deletion	Chr7	16467128	16467135	7	LOC_Os07g28200
Deletion	Chr5	22039226	22039229	3
Deletion	Chr12	24286994	24287006	12
Deletion	Chr8	26399711	26399712	1	LOC_Os08g41800
Deletion	Chr5	27525610	27525613	3	LOC_Os05g48010
Deletion	Chr3	28456940	28456965	25
Deletion	Chr7	29071125	29071130	5
Deletion	Chr1	42283261	42283273	12	LOC_Os01g72910

Insertions: 1

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr4	5908856	5908856	1	LOC_Os04g10900

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr4	27036299	27955305	2
Inversion	Chr4	27036300	27955305	2

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr8	5177762	Chr2	18656952	LOC_Os08g08900
Translocation	Chr8	5177767	Chr2	18653700	2
Translocation	Chr9	6881544	Chr4	15380380

Main menu