Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 49

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	19856054	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g35860
SBS	Chr1	27206905	T-A	HET
SBS	Chr1	27938368	C-A	HET
SBS	Chr1	29765587	G-C	HET
SBS	Chr1	38763171	C-G	HET
SBS	Chr1	5566092	C-G	HET
SBS	Chr10	2296631	C-A	HET
SBS	Chr10	4319234	T-G	HET
SBS	Chr10	607932	G-T	HET
SBS	Chr10	7550906	G-A	HET
SBS	Chr10	9177195	C-A	HET
SBS	Chr10	9615994	A-G	HET
SBS	Chr11	18689387	G-T	Homo
SBS	Chr11	18838613	G-A	Homo
SBS	Chr12	17123491	G-A	HET
SBS	Chr12	17124127	G-T	HET
SBS	Chr12	17927080	G-A	HET
SBS	Chr12	25147276	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g40630
SBS	Chr12	25147277	C-T	HET
SBS	Chr12	653386	G-A	HET
SBS	Chr12	8198421	G-A	HET
SBS	Chr12	8389521	A-G	HET
SBS	Chr2	30270683	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g49520
SBS	Chr2	3528145	C-T	HET
SBS	Chr2	3555881	G-T	HET
SBS	Chr3	16595686	G-A	HET
SBS	Chr3	21983014	G-A	HET
SBS	Chr3	30157618	C-T	Homo
SBS	Chr5	13747487	T-C	HET
SBS	Chr5	20487933	C-T	HET
SBS	Chr6	14616789	C-G	Homo
SBS	Chr6	28550827	A-G	HET
SBS	Chr7	10723837	G-A	Homo
SBS	Chr7	12403177	C-T	Homo
SBS	Chr7	1463606	G-A	HET
SBS	Chr7	20653013	G-T	HET
SBS	Chr7	2294935	G-A	HET
SBS	Chr7	2294936	G-A	HET
SBS	Chr8	12238062	C-T	HET
SBS	Chr8	13914475	T-C	HET
SBS	Chr8	2053795	G-C	HET
SBS	Chr8	24826593	A-T	HET
SBS	Chr8	26919970	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g42590
SBS	Chr8	328953	G-A	HET
SBS	Chr8	5891242	G-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g10150
SBS	Chr8	6271207	G-A	HET
SBS	Chr8	8361678	C-A	HET
SBS	Chr9	3997712	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g07860
SBS	Chr9	5153401	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g09540

Deletions: 14

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr1	1512712	1512714	2
Deletion	Chr1	2240380	2240385	5
Deletion	Chr7	4092001	4115000	22999	3
Deletion	Chr9	4398001	4440000	41999	9
Deletion	Chr2	4820834	4820836	2
Deletion	Chr7	11054400	11054405	5
Deletion	Chr7	15187319	15187327	8
Deletion	Chr6	16494001	16505000	10999	4
Deletion	Chr2	18106369	18106380	11	LOC_Os02g30400
Deletion	Chr5	20839914	20839915	1	LOC_Os05g35100
Deletion	Chr1	22359792	22359804	12
Deletion	Chr12	24331808	24331928	120
Deletion	Chr1	26359861	26359863	2
Deletion	Chr2	27963433	27963439	6

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	1918329	1918329	1
Insertion	Chr10	7673651	7673651	1
Insertion	Chr5	14520416	14520417	2
Insertion	Chr5	3391997	3391998	2
Insertion	Chr6	9594369	9594370	2

Inversions: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr9	4350600	4461393	LOC_Os09g08390
Inversion	Chr9	4350606	4442649	LOC_Os09g08390
Inversion	Chr9	4401174	5150052
Inversion	Chr9	4442463	4442649
Inversion	Chr9	5150056	6009535
Inversion	Chr6	21342447	21356865
Inversion	Chr6	21342455	21356866

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr8	5756234	Chr3	16580519	2
Translocation	Chr8	10989354	Chr7	12645448	2
Translocation	Chr11	18033977	Chr1	31269142
Translocation	Chr11	27297214	Chr1	11187998
Translocation	Chr11	27415817	Chr9	22016119

Main menu