Search Results

Mutant Information

Mutant Name	FN3210-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN3210-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 43

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	6645593	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	6645594	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	11715427	C-G	HET	UTR_3_PRIME
SBS	Chr1	27853570	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr2	9359662	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	10714300	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	14413091	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	21801385	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	6876033	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g12440
SBS	Chr5	12465726	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g21190
SBS	Chr5	12683739	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr5	18993046	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	24448941	C-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr5	26493328	G-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr5	28651824	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	1177799	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	11812224	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	17906832	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	4261809	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	8138340	A-G	HET	INTRON
SBS	Chr7	11461952	C-A	HET	INTRON
SBS	Chr7	17651072	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	26946722	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr8	4870567	G-T	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g08450
SBS	Chr8	4870568	T-G	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g08450
SBS	Chr8	20855589	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g33430
SBS	Chr8	25526334	T-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	2965236	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	11145995	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	11334130	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g18490
SBS	Chr9	17587541	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr9	18593476	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	2836546	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	4515630	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	11478853	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	19296928	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	16157240	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr12	5276159	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	15295955	T-C	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr12	15747410	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g26860
SBS	Chr12	20648813	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr12	20730047	G-A	HOMO	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g34200
SBS	Chr12	26589654	C-A	HOMO	INTERGENIC

Deletions: 14

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr2	368842	368843	1
Deletion	Chr10	4808960	4808970	10
Deletion	Chr11	5618556	5618568	12
Deletion	Chr5	7263194	7263195	1
Deletion	Chr3	13348416	13348417	1
Deletion	Chr5	14057389	14057405	16
Deletion	Chr6	15652332	15652333	1
Deletion	Chr6	18308554	18308555	1
Deletion	Chr9	18899110	18899112	2
Deletion	Chr4	19905009	19905016	7
Deletion	Chr12	21679112	21679113	1
Deletion	Chr8	21728338	21728347	9
Deletion	Chr1	30446081	30446082	1
Deletion	Chr1	33597001	33608000	10999	2

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr6	5718480	5718481	2
Insertion	Chr3	21766397	21766398	2
Insertion	Chr10	4758486	4758486	1
Insertion	Chr10	20984729	20984732	4
Insertion	Chr11	12517227	12517246	20

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2
Inversion	Chr3	1103450	1103689
Inversion	Chr4	27830350	27830600
Inversion	Chr6	28029179	28029551

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2
Translocation	Chr3	16446999	Chr2	25541511
Translocation	Chr7	18542588	Chr4	17812428
Translocation	Chr12	24861379	Chr11	25724749

Main menu

You are here

Search Results