Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 33

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	12806705	T-C	HET	INTRON
SBS	Chr1	22832142	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	6411185	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr10	18572036	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	20341916	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g37970
SBS	Chr11	1694390	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	19543914	C-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr11	320383	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	432099	C-T	HET	SPLICE_SITE_REGION
SBS	Chr2	12688164	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	19670790	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	27688055	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	27688056	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	354480	A-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	8982330	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	11417972	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	12223484	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	12223485	T-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	34643742	C-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr3	6470903	C-T	HOMO	INTRON
SBS	Chr4	2961971	G-A	HET	INTRON
SBS	Chr5	21824988	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g37300
SBS	Chr5	26541792	C-T	HET	UTR_5_PRIME
SBS	Chr5	26541793	G-T	HET	UTR_5_PRIME
SBS	Chr5	26541794	A-T	HET	UTR_5_PRIME
SBS	Chr5	7558716	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g13630
SBS	Chr6	12832029	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	13483887	T-A	HET	INTRON
SBS	Chr7	23504664	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	8773729	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	9947407	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g16910
SBS	Chr8	6196550	G-C	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr9	4983928	T-A	HET	INTERGENIC

Deletions: 11

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr6	2216295	2216297	2
Deletion	Chr12	3318101	3318102	1	LOC_Os12g06820
Deletion	Chr7	4420889	4421228	339
Deletion	Chr4	8173579	8173581	2
Deletion	Chr5	10251243	10251743	500
Deletion	Chr2	15261781	15261782	1
Deletion	Chr7	21869270	21869272	2
Deletion	Chr11	23887232	23887240	8	LOC_Os11g40060
Deletion	Chr12	26847860	26847867	7
Deletion	Chr1	37454551	37480331	25780	5
Deletion	Chr1	37455001	37502000	47000	7

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr3	24385373	24385376	4
Insertion	Chr8	16099831	16099832	2

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr5	15565892	26957056
Inversion	Chr5	15565905	26957074

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr4	8612015	Chr3	25690339	LOC_Os03g45519
Translocation	Chr3	34181004	Chr2	13952309

Main menu