Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 39

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	17001851	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	25830989	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr1	307331	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g01610
SBS	Chr10	13087165	T-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr10	9636253	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	18121208	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr11	20189079	G-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	2405583	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr11	8278501	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr12	11630918	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g19980
SBS	Chr12	23117243	A-G	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr2	15801439	C-T	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	18544015	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	18650560	C-T	HET	INTRON
SBS	Chr2	34177526	T-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr2	6816122	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g12910
SBS	Chr2	9457501	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	18818890	C-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	19977912	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr3	26133152	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g46220
SBS	Chr3	5024961	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr3	6122965	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	11644426	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr4	6301881	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	19688775	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	3120417	C-T	HET	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr5	3968698	C-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr5	73715	A-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	17688282	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g30570
SBS	Chr6	17688286	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g30570
SBS	Chr6	19759612	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr6	26735375	G-C	HET	INTERGENIC
SBS	Chr6	8773222	G-A	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	21923720	G-A	HOMO	SYNONYMOUS_CODING
SBS	Chr7	25517671	G-A	HOMO	INTRON
SBS	Chr7	25670	A-G	HET	INTERGENIC
SBS	Chr7	7296632	C-T	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr8	11002016	G-A	HOMO	INTERGENIC
SBS	Chr8	19558383	A-T	HET	INTERGENIC

Deletions: 12

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr8	6116163	6116179	16
Deletion	Chr3	6535385	6535387	2
Deletion	Chr3	7708653	7708667	14
Deletion	Chr10	8041738	8041749	11
Deletion	Chr7	11253750	11253785	35
Deletion	Chr7	12938685	12938687	2	LOC_Os07g22960
Deletion	Chr6	14040088	14040089	1
Deletion	Chr4	14428089	14428090	1
Deletion	Chr6	20049282	20049285	3
Deletion	Chr3	23088652	23088663	11	LOC_Os03g41510
Deletion	Chr11	28563459	28563460	1
Deletion	Chr1	41424326	41424327	1

Insertions: 10

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr10	16526282	16526283	2
Insertion	Chr11	15043742	15043742	1
Insertion	Chr4	2631922	2631922	1
Insertion	Chr4	32412606	32412665	60
Insertion	Chr5	3397941	3397959	19
Insertion	Chr5	49552	49553	2
Insertion	Chr7	15829175	15829175	1
Insertion	Chr7	8689553	8689554	2
Insertion	Chr8	6447731	6447731	1
Insertion	Chr9	1699768	1699769	2

Inversions: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr6	7359947	8118270	LOC_Os06g14450
Inversion	Chr6	7360670	8118276	LOC_Os06g14450
Inversion	Chr4	24081418	24081655
Inversion	Chr3	26157258	26730803
Inversion	Chr3	26157273	26730800

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2
Translocation	Chr10	6777833	Chr4	3634739
Translocation	Chr12	16808028	Chr9	4916621
Translocation	Chr10	18184009	Chr9	16564128

Main menu