Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 38

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10166152	T-C	HET
SBS	Chr1	32570228	A-G	Homo
SBS	Chr1	34161355	A-G	Homo
SBS	Chr1	42260049	A-T	Homo
SBS	Chr1	7500956	G-A	HET
SBS	Chr10	12295591	G-C	HET
SBS	Chr10	12295592	C-A	HET
SBS	Chr10	6875526	G-T	HET
SBS	Chr10	9133926	A-G	HET
SBS	Chr11	10186879	G-T	HET
SBS	Chr11	11283348	A-T	HET
SBS	Chr12	391359	T-C	HET
SBS	Chr2	10824100	T-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g18550
SBS	Chr2	10824101	C-A	Homo	STOP_GAINED	LOC_Os02g18550
SBS	Chr2	23668846	C-T	HET
SBS	Chr2	4696779	C-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g09150
SBS	Chr2	997662	G-A	Homo
SBS	Chr3	262666	T-A	HET
SBS	Chr3	3386090	A-T	HET
SBS	Chr4	26663003	A-T	HET
SBS	Chr4	35365343	A-G	HET
SBS	Chr4	6586365	C-T	HET
SBS	Chr5	16723674	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g28540
SBS	Chr5	17232743	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g29780
SBS	Chr5	18710572	G-A	HET
SBS	Chr5	3199206	T-C	HET
SBS	Chr5	6910429	T-C	HET
SBS	Chr5	8619525	C-G	HET
SBS	Chr5	9740318	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g17050
SBS	Chr5	9835546	T-C	HET
SBS	Chr6	16595957	T-A	Homo
SBS	Chr6	31199284	G-A	HET
SBS	Chr7	18021190	C-A	HET
SBS	Chr7	23965658	C-A	HET
SBS	Chr8	10345650	C-G	Homo
SBS	Chr8	11914088	T-C	Homo
SBS	Chr8	26434716	G-A	HET
SBS	Chr8	48224	C-T	HET

Deletions: 10

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr2	4441286	4441291	5
Deletion	Chr1	9702001	9874000	171999	20
Deletion	Chr9	9932392	9932393	1
Deletion	Chr8	11372838	11372839	1
Deletion	Chr9	14083376	14083385	9
Deletion	Chr7	15694318	15694322	4
Deletion	Chr6	16307543	16307545	2
Deletion	Chr6	18215162	18215166	4
Deletion	Chr8	24553184	24553192	8
Deletion	Chr6	26975215	26975223	8

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	5369281	5369283	3
Insertion	Chr12	22349029	22349029	1
Insertion	Chr2	1547767	1547767	1
Insertion	Chr3	12760119	12760119	1
Insertion	Chr9	5829123	5829123	1

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2
Inversion	Chr4	3353645	3363085
Inversion	Chr1	9559450	10182710
Inversion	Chr1	9560948	9873905

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr5	11479330	Chr4	3363013
Translocation	Chr4	13779810	Chr1	42289537	2
Translocation	Chr4	21004646	Chr2	34825399	2
Translocation	Chr4	21008082	Chr2	34825398	2

Main menu