Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 53

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	15257372	G-A	HET
SBS	Chr1	41827538	G-A	Homo
SBS	Chr1	7605236	T-C	HET
SBS	Chr10	22252793	C-A	Homo
SBS	Chr10	8383658	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g16824
SBS	Chr11	11389421	T-A	HET
SBS	Chr11	11389422	T-A	HET
SBS	Chr11	14318408	C-G	HET
SBS	Chr11	15598252	C-A	HET
SBS	Chr11	16344336	C-A	HET
SBS	Chr12	10439918	G-A	Homo
SBS	Chr12	24784014	A-T	Homo
SBS	Chr12	24784015	C-G	Homo
SBS	Chr12	24784016	T-C	Homo
SBS	Chr2	13771708	A-G	HET
SBS	Chr2	22677823	G-A	HET
SBS	Chr2	27555969	T-C	HET
SBS	Chr2	3126271	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g06250
SBS	Chr2	35824174	T-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g58620
SBS	Chr3	2088018	A-G	HET
SBS	Chr3	24001616	G-T	HET
SBS	Chr3	24001617	C-T	HET
SBS	Chr3	25167344	C-A	HET
SBS	Chr3	25167345	A-C	HET
SBS	Chr3	29393522	C-A	Homo
SBS	Chr3	32249801	G-C	HET
SBS	Chr3	34846358	G-A	HET
SBS	Chr4	10322	A-G	Homo
SBS	Chr4	11536277	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g20610
SBS	Chr4	1507112	G-T	HET
SBS	Chr4	21757750	C-T	Homo
SBS	Chr4	21893683	A-C	Homo
SBS	Chr4	5534426	A-C	HET
SBS	Chr4	7161098	A-T	HET
SBS	Chr4	9335531	A-G	HET
SBS	Chr5	10612381	A-G	HET
SBS	Chr5	14535457	A-C	HET
SBS	Chr5	15422733	C-T	HET
SBS	Chr5	18274545	T-A	Homo
SBS	Chr5	3100754	T-C	HET
SBS	Chr6	5731750	A-T	HET
SBS	Chr6	5731751	C-T	HET
SBS	Chr6	5731752	C-T	HET
SBS	Chr7	13288900	T-C	Homo
SBS	Chr7	14169554	T-A	HET
SBS	Chr8	14026605	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g23230
SBS	Chr8	17567185	A-T	HET
SBS	Chr8	27075840	C-T	HET
SBS	Chr9	14919076	C-T	HET
SBS	Chr9	15556328	A-T	HET
SBS	Chr9	3261468	T-G	HET
SBS	Chr9	6269266	A-G	Homo
SBS	Chr9	867900	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g02190

Deletions: 18

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr5	2274830	2274831	1
Deletion	Chr3	2955306	2955307	1
Deletion	Chr10	5236624	5236631	7	LOC_Os10g09684
Deletion	Chr1	6494296	6494310	14
Deletion	Chr3	12374001	12406000	31999	5
Deletion	Chr11	13672201	13672202	1
Deletion	Chr8	14458456	14458457	1
Deletion	Chr5	14669566	14669570	4
Deletion	Chr2	14903683	14903685	2
Deletion	Chr12	17776535	17776543	8
Deletion	Chr1	18231827	18231828	1	LOC_Os01g33110
Deletion	Chr2	23036001	23066000	29999	3
Deletion	Chr8	26997889	26997907	18
Deletion	Chr2	31659242	31659243	1
Deletion	Chr1	31879520	31879551	31
Deletion	Chr3	32668274	32668279	5
Deletion	Chr3	34306520	34306524	4
Deletion	Chr1	38224235	38224242	7

Insertions: 7

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr10	21783317	21783317	1
Insertion	Chr2	30499063	30499078	16
Insertion	Chr3	4946674	4946674	1
Insertion	Chr4	29150317	29150320	4
Insertion	Chr5	24940514	24940514	1	LOC_Os05g42960
Insertion	Chr5	4740328	4740357	30	LOC_Os05g08660
Insertion	Chr8	1021228	1021231	4

No Inversion

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	2005230	Chr6	23454866
Translocation	Chr6	6440970	Chr2	9249562	LOC_Os06g12030
Translocation	Chr6	6441599	Chr2	4658649	2
Translocation	Chr3	17058450	Chr2	18546763	2
Translocation	Chr7	26057649	Chr1	10500976

Main menu