Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 43

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	13574724	T-A	HET
SBS	Chr1	16463427	A-G	HET
SBS	Chr1	34800569	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g60160
SBS	Chr1	40694558	T-C	HET
SBS	Chr1	7728113	C-G	HET
SBS	Chr10	71078	T-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g01060
SBS	Chr11	16202096	G-T	Homo
SBS	Chr11	20239947	G-T	Homo
SBS	Chr11	22382262	A-G	HET
SBS	Chr11	7856271	C-A	HET
SBS	Chr12	11386541	T-G	HET
SBS	Chr12	22382328	G-C	HET
SBS	Chr2	18599135	C-T	HET
SBS	Chr2	21542265	G-T	HET
SBS	Chr2	26020239	A-T	HET
SBS	Chr2	8982997	C-T	HET
SBS	Chr3	14674499	G-A	Homo
SBS	Chr3	18522964	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g32380
SBS	Chr3	2703594	C-A	HET
SBS	Chr3	30402498	G-A	HET
SBS	Chr3	35771373	G-A	HET
SBS	Chr3	5411988	A-G	HET
SBS	Chr4	17170376	G-A	HET
SBS	Chr4	26026166	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g43916
SBS	Chr5	12926684	G-A	HET
SBS	Chr5	18678345	A-T	Homo
SBS	Chr5	23543286	G-C	HET
SBS	Chr5	25111390	G-T	HET
SBS	Chr5	29257070	C-A	HET
SBS	Chr6	17145654	C-T	HET
SBS	Chr6	28338310	A-C	Homo
SBS	Chr6	9929984	A-G	HET
SBS	Chr7	21067207	G-A	HET
SBS	Chr7	22748862	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g37910
SBS	Chr7	4419406	A-T	Homo
SBS	Chr8	11556196	C-T	Homo
SBS	Chr8	1432672	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g03130
SBS	Chr8	6948838	G-T	Homo
SBS	Chr9	11994910	G-A	HET
SBS	Chr9	12008396	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g20040
SBS	Chr9	19325337	G-A	HET
SBS	Chr9	19573170	T-A	HET
SBS	Chr9	2941439	G-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os09g06260

Deletions: 17

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr12	3478227	3478228	1
Deletion	Chr8	4767403	4767405	2
Deletion	Chr9	7198748	7198750	2
Deletion	Chr10	8381543	8381545	2
Deletion	Chr3	9694977	9694989	12
Deletion	Chr10	11777960	11777965	5
Deletion	Chr5	16722325	16722330	5
Deletion	Chr12	16850350	16850354	4
Deletion	Chr12	23726560	23726585	25	LOC_Os12g38620
Deletion	Chr11	23870354	23870367	13
Deletion	Chr11	24200200	24200206	6
Deletion	Chr2	26339452	26339458	6
Deletion	Chr2	27075191	27075192	1
Deletion	Chr6	27567498	27567504	6
Deletion	Chr4	29818237	29818238	1
Deletion	Chr1	34921719	34921720	1
Deletion	Chr3	35032123	35032125	2

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr12	19754378	19754379	2
Insertion	Chr2	22192623	22192623	1
Insertion	Chr7	23468619	23468619	1
Insertion	Chr8	12235559	12235559	1

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr10	897969	904388	2
Inversion	Chr10	898017	904392	2
Inversion	Chr6	13422504	13600419	LOC_Os06g22990
Inversion	Chr6	13422509	13601462	LOC_Os06g22990

Translocations: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr8	10108407	Chr6	18098133	LOC_Os08g16490
Translocation	Chr7	14480942	Chr2	20378261
Translocation	Chr7	14486233	Chr2	20378289
Translocation	Chr9	14758858	Chr3	1569844	2
Translocation	Chr12	22237325	Chr1	13535648
Translocation	Chr6	26160474	Chr5	15039698	LOC_Os06g43520
Translocation	Chr6	26160478	Chr5	15033309	LOC_Os06g43520

Main menu