Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 49

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	18847789	C-T	Homo
SBS	Chr1	21826616	G-A	HET
SBS	Chr1	28124056	G-A	Homo
SBS	Chr1	31999122	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g55540
SBS	Chr1	5107658	C-G	HET
SBS	Chr1	5962279	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g11140
SBS	Chr10	3018309	T-A	Homo
SBS	Chr10	3140457	A-G	HET
SBS	Chr11	12788717	G-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os11g22310
SBS	Chr11	17093579	G-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os11g29450
SBS	Chr11	19291439	C-T	HET
SBS	Chr12	13264807	G-T	HET
SBS	Chr12	13264808	G-T	HET
SBS	Chr12	13415574	C-A	HET
SBS	Chr12	25181802	G-T	HET
SBS	Chr12	8446108	C-T	HET
SBS	Chr12	9757589	C-T	HET
SBS	Chr2	16131853	G-A	Homo
SBS	Chr2	17516345	G-A	Homo
SBS	Chr2	8092089	C-T	Homo
SBS	Chr3	19214763	G-T	Homo
SBS	Chr3	22526752	T-A	Homo
SBS	Chr3	22526753	G-T	Homo
SBS	Chr3	27054328	T-A	HET
SBS	Chr4	21978314	G-C	HET
SBS	Chr4	22495426	C-T	HET
SBS	Chr4	28795422	G-T	HET
SBS	Chr4	30368879	C-T	HET
SBS	Chr4	30926700	C-T	HET
SBS	Chr4	34493194	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g57890
SBS	Chr4	9714549	C-T	HET
SBS	Chr5	25382903	G-A	HET
SBS	Chr6	1043435	G-T	HET
SBS	Chr6	12657567	C-A	Homo
SBS	Chr6	15553460	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g27470
SBS	Chr6	19962245	G-A	HET
SBS	Chr6	23095691	A-G	HET
SBS	Chr6	2991772	C-T	HET
SBS	Chr6	31169462	A-T	HET
SBS	Chr7	28283974	T-A	HET
SBS	Chr7	28283975	A-T	HET
SBS	Chr7	7013062	A-C	HET
SBS	Chr8	24152919	C-T	HET
SBS	Chr8	24610563	C-T	HET
SBS	Chr8	24972168	C-A	HET
SBS	Chr8	24975006	A-C	HET
SBS	Chr8	3778483	T-C	Homo
SBS	Chr8	9774790	C-A	Homo
SBS	Chr9	17046624	A-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g28070

Deletions: 15

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr3	6012216	6012224	8
Deletion	Chr10	6749316	6749319	3
Deletion	Chr2	7832011	7832129	118
Deletion	Chr11	8037001	8410000	372999	61
Deletion	Chr8	9012004	9012005	1
Deletion	Chr6	9804248	9804259	11
Deletion	Chr7	11107872	11107897	25
Deletion	Chr10	13121057	13121058	1
Deletion	Chr8	13540905	13540916	11
Deletion	Chr7	14052385	14052386	1
Deletion	Chr4	20364560	20364566	6	LOC_Os04g33620
Deletion	Chr4	20423001	20494000	70999	8
Deletion	Chr11	21318486	21318487	1
Deletion	Chr12	23432639	23432640	1
Deletion	Chr4	28054275	28054276	1	LOC_Os04g47240

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr10	15484897	15484898	2
Insertion	Chr10	8037274	8037277	4
Insertion	Chr12	16831683	16831683	1
Insertion	Chr3	35595431	35595437	7	LOC_Os03g62910
Insertion	Chr7	8030075	8030076	2

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr6	10400488	10888111	2
Inversion	Chr3	10413993	10414170
Inversion	Chr3	31828053	31828505	LOC_Os03g55890

Translocations: 12

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	857960	Chr10	23092512	2
Translocation	Chr11	857968	Chr4	20503276	LOC_Os11g02670
Translocation	Chr2	4657003	Chr1	1044289
Translocation	Chr11	8038104	Chr10	2933661	2
Translocation	Chr11	8038428	Chr10	3377341
Translocation	Chr11	9089385	Chr7	28284964	2
Translocation	Chr11	9091867	Chr7	28284962	2
Translocation	Chr12	18630079	Chr7	6891519
Translocation	Chr10	23092546	Chr4	20502368	LOC_Os10g42820
Translocation	Chr3	24348595	Chr1	5089382	LOC_Os03g43580
Translocation	Chr7	26695487	Chr1	14589227	2
Translocation	Chr4	28717896	Chr3	31453275	LOC_Os04g48210

Main menu