Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 44

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	24118899	T-G	HET
SBS	Chr1	24131006	T-A	HET
SBS	Chr1	24131007	C-A	HET
SBS	Chr1	39679823	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g68290
SBS	Chr10	19092610	T-A	HET
SBS	Chr11	14793510	C-T	HET
SBS	Chr11	16112627	C-T	HET
SBS	Chr11	16857683	G-A	HET
SBS	Chr11	26042030	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g43150
SBS	Chr12	2276265	T-G	HET
SBS	Chr12	9614780	G-C	HET
SBS	Chr2	13256266	C-T	HET
SBS	Chr2	18065964	C-A	HET
SBS	Chr2	20924393	G-C	HET
SBS	Chr2	23749437	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g39350
SBS	Chr2	2423282	A-G	Homo
SBS	Chr2	2423358	A-C	Homo
SBS	Chr2	2423432	T-C	Homo
SBS	Chr3	31797470	A-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g55860
SBS	Chr3	4691029	C-T	HET
SBS	Chr3	9581519	G-C	HET
SBS	Chr4	13919437	G-A	Homo
SBS	Chr4	25045437	C-T	Homo
SBS	Chr4	34474509	C-T	HET
SBS	Chr5	11335147	G-A	HET
SBS	Chr5	12882858	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g22700
SBS	Chr5	14100625	A-G	HET
SBS	Chr5	5102273	C-T	Homo
SBS	Chr5	5471772	G-C	HET
SBS	Chr6	19743051	T-A	HET
SBS	Chr6	9670685	C-T	HET
SBS	Chr7	1303607	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g03250
SBS	Chr7	20744695	G-A	Homo
SBS	Chr7	25122386	T-A	HET
SBS	Chr7	7633180	C-A	HET
SBS	Chr8	19186881	G-A	HET
SBS	Chr8	2101673	G-A	HET
SBS	Chr8	2175209	T-G	HET
SBS	Chr8	2175213	A-T	HET
SBS	Chr8	2175214	C-T	HET
SBS	Chr8	22457180	T-A	HET
SBS	Chr8	23287411	T-C	HET
SBS	Chr8	7490626	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g12680
SBS	Chr9	16907126	G-A	HET

Deletions: 22

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr8	2178001	2202000	23999	3
Deletion	Chr8	2847770	2847772	2
Deletion	Chr5	6811672	6811674	2
Deletion	Chr3	7965521	7965524	3
Deletion	Chr5	8482985	8482989	4
Deletion	Chr4	10158058	10158064	6
Deletion	Chr9	11341038	11341039	1	LOC_Os09g18500
Deletion	Chr12	11750189	11750191	2
Deletion	Chr10	12768633	12768634	1	LOC_Os10g24820
Deletion	Chr7	16558047	16558048	1
Deletion	Chr10	17374829	17374830	1	LOC_Os10g33170
Deletion	Chr7	18547645	18547684	39
Deletion	Chr5	20560001	20641000	80999	13
Deletion	Chr5	20643001	20732000	88999	12
Deletion	Chr10	21221500	21221505	5
Deletion	Chr3	22136193	22136198	5
Deletion	Chr12	24173167	24173168	1
Deletion	Chr3	24709033	24709035	2
Deletion	Chr5	27918001	27928000	9999	2
Deletion	Chr1	30545962	30545963	1
Deletion	Chr2	32770898	32770907	9
Deletion	Chr1	37780633	37780648	15	LOC_Os01g65090

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr11	3979219	3979221	3
Insertion	Chr4	31847295	31847295	1
Insertion	Chr6	9599689	9599690	2

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	5386140	5386484
Inversion	Chr7	21932093	21954779	2
Inversion	Chr7	21932100	21955568	2

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	14753919	Chr6	9352429
Translocation	Chr7	21955565	Chr3	18008436	2

Main menu