Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 49

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	11503529	A-C	HET
SBS	Chr1	12268117	C-G	HET
SBS	Chr1	16960226	C-A	HET
SBS	Chr1	34131635	C-T	HET
SBS	Chr1	35779083	A-T	HET
SBS	Chr1	4558322	G-A	HET
SBS	Chr10	12288640	T-A	HET
SBS	Chr10	12288641	C-A	HET
SBS	Chr10	22903778	G-C	Homo
SBS	Chr11	14930964	A-T	HET
SBS	Chr11	8037175	C-T	HET
SBS	Chr11	8688934	C-G	Homo
SBS	Chr12	13187260	C-A	HET
SBS	Chr12	14047474	C-A	HET
SBS	Chr12	16457673	G-C	HET
SBS	Chr12	8237857	G-A	HET
SBS	Chr2	14389307	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g24790
SBS	Chr2	15084758	C-A	HET
SBS	Chr2	24906512	C-T	Homo
SBS	Chr2	27498980	C-T	HET
SBS	Chr2	33464607	G-A	HET
SBS	Chr2	34282939	C-T	HET
SBS	Chr2	5504339	A-T	Homo
SBS	Chr3	13014812	T-A	HET
SBS	Chr3	18126236	G-A	HET
SBS	Chr3	26004863	T-C	HET
SBS	Chr3	30649260	C-A	HET
SBS	Chr4	11064400	T-A	HET
SBS	Chr4	19660086	A-C	HET
SBS	Chr4	2599688	T-C	HET
SBS	Chr4	9761440	C-T	HET
SBS	Chr5	12036974	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g20510
SBS	Chr5	21940770	T-A	HET
SBS	Chr6	15844887	G-A	HET
SBS	Chr6	24478100	A-G	HET
SBS	Chr6	27526169	A-G	HET
SBS	Chr6	7550184	A-T	HET
SBS	Chr7	10463296	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g17720
SBS	Chr7	10463299	C-T	HET
SBS	Chr7	12945309	A-G	HET
SBS	Chr7	14030101	C-G	HET
SBS	Chr7	16917630	T-C	HET
SBS	Chr7	183418	G-A	Homo
SBS	Chr7	1839600	T-A	HET
SBS	Chr8	22675202	C-T	HET
SBS	Chr8	28290117	G-A	HET
SBS	Chr9	12679602	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g21020
SBS	Chr9	1276246	C-T	HET
SBS	Chr9	13819272	A-G	HET

Deletions: 10

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr5	1211001	1223000	11999	2
Deletion	Chr10	3923561	3923562	1
Deletion	Chr7	5975001	6064000	88999	11
Deletion	Chr10	8395590	8395591	1	LOC_Os10g16860
Deletion	Chr2	13341930	13341931	1
Deletion	Chr1	13831646	13831650	4
Deletion	Chr4	19697001	19706000	8999	LOC_Os04g32690
Deletion	Chr1	22180356	22180358	2
Deletion	Chr7	22666922	22666929	7
Deletion	Chr3	32343505	32343506	1

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr12	12299657	12299659	3
Insertion	Chr12	24275651	24275652	2
Insertion	Chr7	21078750	21078751	2

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr1	7297183	7437801	2
Inversion	Chr1	7297198	7437807	2

Translocations: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr9	2259195	Chr7	5975921	2
Translocation	Chr9	2262784	Chr1	35852564	2
Translocation	Chr10	13120554	Chr5	23573853
Translocation	Chr10	17974459	Chr1	2572628	LOC_Os10g33862
Translocation	Chr12	22023464	Chr8	27373382
Translocation	Chr8	27804406	Chr2	15723612	2

Main menu