Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 44

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	29274032	G-T	HET
SBS	Chr1	29344350	G-C	HET
SBS	Chr1	34448922	C-T	HET
SBS	Chr1	52055	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g01100
SBS	Chr1	6104311	G-T	HET
SBS	Chr1	727322	G-A	HET
SBS	Chr11	17154407	C-T	HET
SBS	Chr11	23041982	C-T	HET
SBS	Chr11	25828495	C-A	HET
SBS	Chr11	413555	A-T	HET
SBS	Chr12	14980045	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g25830
SBS	Chr12	7313628	G-A	HET
SBS	Chr2	10200899	G-A	Homo
SBS	Chr2	18913171	G-A	HET
SBS	Chr2	20071786	G-A	HET
SBS	Chr2	2764095	A-T	Homo
SBS	Chr2	34738218	C-T	HET
SBS	Chr3	12838236	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g22420
SBS	Chr3	17463245	G-A	HET
SBS	Chr3	36289042	A-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g64219
SBS	Chr3	36291203	A-T	HET
SBS	Chr3	5315883	T-A	HET
SBS	Chr4	10180678	C-T	HET
SBS	Chr4	15189277	C-G	HET
SBS	Chr4	17265973	C-G	HET
SBS	Chr4	18240707	T-C	HET
SBS	Chr4	28893437	T-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g48460
SBS	Chr4	5023968	T-G	HET
SBS	Chr4	6545209	G-A	Homo
SBS	Chr4	8726508	G-A	HET
SBS	Chr5	15821420	G-A	HET
SBS	Chr5	25198131	A-T	HET
SBS	Chr6	25663129	T-C	Homo
SBS	Chr7	17436494	G-A	HET
SBS	Chr7	18010524	G-A	HET
SBS	Chr7	27027594	G-T	HET
SBS	Chr7	3784443	T-C	Homo
SBS	Chr8	20372394	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g32860
SBS	Chr8	20444446	G-A	Homo
SBS	Chr8	23355313	C-A	Homo
SBS	Chr8	27483686	G-A	HET
SBS	Chr8	27646194	G-A	HET
SBS	Chr8	6549387	A-C	HET
SBS	Chr9	17857464	G-A	HET

Deletions: 11

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr8	1035008	1035010	2
Deletion	Chr5	1248057	1248059	2
Deletion	Chr10	3107355	3107363	8
Deletion	Chr8	3495549	3495551	2
Deletion	Chr10	3657991	3658005	14
Deletion	Chr2	4109580	4109583	3
Deletion	Chr9	5955671	5955674	3
Deletion	Chr9	8363905	8363906	1	LOC_Os09g14120
Deletion	Chr10	12613610	12613618	8	LOC_Os10g24570
Deletion	Chr10	13911001	14161000	249999	25
Deletion	Chr10	15666635	15666636	1

Insertions: 6

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr10	6646239	6646247	9
Insertion	Chr11	18079442	18079442	1
Insertion	Chr3	14163150	14163151	2
Insertion	Chr5	18351135	18351136	2
Insertion	Chr5	8423381	8423381	1
Insertion	Chr6	63758	63758	1

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2
Inversion	Chr8	7165046	7210537
Inversion	Chr6	17368110	17443442
Inversion	Chr6	17368155	17443456

Translocations: 8

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	6582743	Chr9	8286448	LOC_Os10g11870
Translocation	Chr8	7164436	Chr4	18790300
Translocation	Chr8	7170160	Chr4	18790177
Translocation	Chr9	7352952	Chr5	1239355	LOC_Os09g12800
Translocation	Chr11	13520071	Chr5	7847206
Translocation	Chr10	18195113	Chr9	3016437	2
Translocation	Chr11	19870209	Chr9	14949230	LOC_Os11g33970
Translocation	Chr11	28762534	Chr6	1579569	LOC_Os11g47620

Main menu