Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 41

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	13541564	C-T	HET
SBS	Chr1	14044377	C-T	HET
SBS	Chr1	1435149	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g03530
SBS	Chr1	15703371	C-T	HET
SBS	Chr1	32983505	T-C	HET
SBS	Chr11	1787134	C-T	Homo
SBS	Chr11	19070510	T-C	HET
SBS	Chr12	10079366	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g17590
SBS	Chr12	1219828	T-A	HET
SBS	Chr12	18288652	C-T	HET
SBS	Chr12	24918825	G-A	HET
SBS	Chr12	24918826	G-T	HET
SBS	Chr2	1112496	T-C	HET
SBS	Chr2	20305081	T-C	HET
SBS	Chr2	2989762	T-A	HET
SBS	Chr3	10790156	G-T	Homo
SBS	Chr3	12163047	C-T	Homo
SBS	Chr3	21841093	A-G	HET
SBS	Chr3	21933906	C-A	HET
SBS	Chr3	25454923	G-T	HET
SBS	Chr3	6048833	T-C	HET
SBS	Chr3	9863238	T-C	Homo
SBS	Chr4	3296796	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g06300
SBS	Chr5	15381905	C-A	HET
SBS	Chr5	16605839	C-T	HET
SBS	Chr5	16642243	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g28420
SBS	Chr5	23978381	T-A	HET
SBS	Chr5	27852259	C-T	HET
SBS	Chr6	15066808	A-G	Homo
SBS	Chr6	6784935	G-T	Homo
SBS	Chr7	1065828	A-G	Homo
SBS	Chr7	15613589	C-T	Homo
SBS	Chr7	16062293	T-C	HET
SBS	Chr8	1666160	C-A	HET
SBS	Chr8	17612099	C-T	HET
SBS	Chr8	22283208	G-A	HET
SBS	Chr9	12081052	T-C	HET
SBS	Chr9	16286071	T-G	HET
SBS	Chr9	16918809	G-A	HET
SBS	Chr9	20397167	C-T	HET
SBS	Chr9	20397168	C-T	HET

Deletions: 14

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr8	3621986	3621996	10
Deletion	Chr1	3776981	3777001	20
Deletion	Chr7	6154911	6154933	22
Deletion	Chr10	7993001	8030000	36999	7
Deletion	Chr10	8072001	8085000	12999	2
Deletion	Chr2	8653588	8653601	13
Deletion	Chr1	9089967	9089968	1
Deletion	Chr11	9589967	9589968	1
Deletion	Chr10	12991802	12991808	6
Deletion	Chr10	14597898	14597900	2
Deletion	Chr9	14705826	14705828	2
Deletion	Chr11	22018154	22018155	1
Deletion	Chr8	22797252	22797253	1
Deletion	Chr12	25919738	25919740	2

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr5	29949779	29949785	7
Insertion	Chr6	9968321	9968323	3
Insertion	Chr7	13576897	13576897	1	LOC_Os07g23980
Insertion	Chr8	18788919	18788919	1
Insertion	Chr8	4842320	4842320	1	LOC_Os08g08400

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr6	17716768	17717250	2
Inversion	Chr9	17924705	17924987
Inversion	Chr2	23232145	23232313

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr7	10511348	Chr6	11334670
Translocation	Chr8	13065666	Chr1	19825584	2
Translocation	Chr4	13171073	Chr1	8783390

Main menu