Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 47

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10216766	G-A	HET
SBS	Chr1	17412802	C-A	HET
SBS	Chr1	22025261	G-A	HET
SBS	Chr1	24149375	T-A	HET
SBS	Chr1	26798358	G-A	HET
SBS	Chr1	30450965	G-T	HET
SBS	Chr1	6422101	T-C	Homo
SBS	Chr1	8104305	T-C	HET
SBS	Chr10	22877805	G-A	Homo
SBS	Chr10	744777	G-A	Homo
SBS	Chr11	20238764	A-G	HET
SBS	Chr11	24276016	C-T	HET
SBS	Chr11	8159375	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g14525
SBS	Chr12	10382950	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g18060
SBS	Chr12	18170554	T-C	Homo
SBS	Chr12	19558701	A-G	Homo
SBS	Chr2	23668833	C-T	HET
SBS	Chr2	29068507	T-C	HET
SBS	Chr3	12042084	T-G	HET
SBS	Chr3	12135986	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g21250
SBS	Chr3	15360226	T-G	HET
SBS	Chr3	32555912	A-G	HET
SBS	Chr3	32772495	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g57480
SBS	Chr3	6506541	G-A	Homo
SBS	Chr4	11349806	C-G	HET
SBS	Chr4	18190148	C-T	HET
SBS	Chr5	14171272	G-A	Homo
SBS	Chr5	15020020	G-A	HET
SBS	Chr5	18225465	C-T	Homo
SBS	Chr5	8403181	T-C	HET
SBS	Chr5	8664270	C-T	Homo
SBS	Chr5	9379719	C-G	HET
SBS	Chr6	20678374	G-T	HET
SBS	Chr6	7140123	C-T	HET
SBS	Chr6	9104547	A-G	Homo
SBS	Chr7	20909844	C-T	HET
SBS	Chr7	27544039	G-T	HET
SBS	Chr7	5095634	C-T	Homo
SBS	Chr7	9903361	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g16850
SBS	Chr8	11816125	T-G	HET
SBS	Chr8	14499464	T-G	HET
SBS	Chr8	6532827	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g11110
SBS	Chr9	11661357	G-T	HET
SBS	Chr9	12741717	G-A	Homo
SBS	Chr9	14570543	A-G	HET
SBS	Chr9	15837953	G-C	Homo
SBS	Chr9	20515514	G-A	HET

Deletions: 16

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	485596	485597	1
Deletion	Chr12	1683072	1683073	1
Deletion	Chr10	1968495	1968497	2	LOC_Os10g04220
Deletion	Chr7	3810113	3810114	1
Deletion	Chr9	4343434	4343435	1
Deletion	Chr10	6659170	6659184	14
Deletion	Chr1	7658923	7658925	2
Deletion	Chr3	7693652	7693653	1
Deletion	Chr6	7726336	7726338	2
Deletion	Chr7	11834538	11834539	1
Deletion	Chr6	15486001	15693000	206999	35
Deletion	Chr1	18449190	18449192	2
Deletion	Chr8	19180899	19180901	2
Deletion	Chr1	25680877	25680878	1
Deletion	Chr6	26962292	26962293	1
Deletion	Chr4	30501001	30508000	6999	LOC_Os04g51490

Insertions: 7

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr11	23230353	23230355	3	LOC_Os11g39020
Insertion	Chr12	4843400	4843408	9
Insertion	Chr2	8412118	8412119	2
Insertion	Chr4	11627090	11627090	1
Insertion	Chr4	19068792	19068792	1	LOC_Os04g31850
Insertion	Chr7	19166940	19166942	3
Insertion	Chr7	28173836	28173836	1

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr4	31857305	32468016	LOC_Os04g53496
Inversion	Chr4	31857320	32468085	LOC_Os04g53496

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr7	21817957	Chr1	9422309	LOC_Os07g36465
Translocation	Chr11	25851597	Chr6	16300083

Main menu