Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 42

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	16035356	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g28660
SBS	Chr1	1721290	T-C	HET
SBS	Chr1	2228478	G-A	HET
SBS	Chr1	22496855	C-T	HET
SBS	Chr1	39865526	G-A	HET
SBS	Chr1	4045129	T-C	HET
SBS	Chr10	16162526	G-A	HET
SBS	Chr10	8605251	C-T	Homo
SBS	Chr11	454586	C-T	HET
SBS	Chr12	10901461	C-T	HET
SBS	Chr12	11701135	G-A	HET
SBS	Chr12	16857732	C-T	HET
SBS	Chr12	25802620	T-A	HET
SBS	Chr12	3710919	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g07480
SBS	Chr2	10498918	C-T	HET
SBS	Chr2	12964038	A-T	HET
SBS	Chr2	14778628	C-T	HET
SBS	Chr2	26196703	T-C	HET
SBS	Chr2	31498553	G-A	HET
SBS	Chr2	4952747	G-A	HET
SBS	Chr3	12549233	T-A	HET
SBS	Chr3	12549234	T-A	HET
SBS	Chr3	33985787	T-A	Homo
SBS	Chr3	33985788	A-T	Homo
SBS	Chr4	17099346	G-A	Homo
SBS	Chr4	17099353	T-A	Homo
SBS	Chr4	1801496	T-C	HET
SBS	Chr4	21400780	G-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g35210
SBS	Chr4	2673036	G-C	HET
SBS	Chr4	32555463	T-C	HET
SBS	Chr4	33952607	A-G	HET
SBS	Chr4	8569343	G-T	HET
SBS	Chr5	5596579	T-C	HET
SBS	Chr5	893940	G-A	HET
SBS	Chr6	26140621	A-T	HET
SBS	Chr6	28126064	G-A	HET
SBS	Chr7	14761216	C-T	Homo
SBS	Chr7	26407895	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g44190
SBS	Chr7	4070408	C-A	Homo
SBS	Chr8	15877995	G-A	HET
SBS	Chr9	22187790	C-T	HET
SBS	Chr9	3782936	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g07540

Deletions: 20

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr5	625626	625650	24	LOC_Os05g02090
Deletion	Chr5	5668521	5668522	1	LOC_Os05g10400
Deletion	Chr2	7325001	7514000	188999	21
Deletion	Chr9	8147408	8147412	4
Deletion	Chr7	8447721	8447729	8	LOC_Os07g14800
Deletion	Chr12	11007461	11007463	2
Deletion	Chr8	12907847	12907850	3
Deletion	Chr4	14553610	14553626	16
Deletion	Chr11	16512663	16512664	1
Deletion	Chr2	18758570	18758571	1
Deletion	Chr2	19129886	19129890	4
Deletion	Chr11	20913259	20913261	2
Deletion	Chr5	25077720	25077722	2
Deletion	Chr8	26425738	26425739	1
Deletion	Chr12	26526886	26526892	6	LOC_Os12g42690
Deletion	Chr7	26852937	26852940	3	LOC_Os07g45010
Deletion	Chr1	26987284	26987286	2
Deletion	Chr3	29288018	29288019	1
Deletion	Chr3	34083928	34083934	6
Deletion	Chr3	35482240	35482246	6	LOC_Os03g62700

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr6	28719152	28719157	6	LOC_Os06g47380
Insertion	Chr7	26517072	26517073	2
Insertion	Chr8	7241051	7241051	1

Inversions: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr9	11523880	11614444	2
Inversion	Chr9	11523883	11614447	2
Inversion	Chr9	20243300	20874740
Inversion	Chr9	20243310	20874747

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	4818247	Chr2	11086411	2
Translocation	Chr7	7873621	Chr6	30023811	2
Translocation	Chr12	13374706	Chr4	32892374
Translocation	Chr2	20742908	Chr1	2919376
Translocation	Chr6	21785310	Chr5	29863031

Main menu