Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN3368-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN3368-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 52

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	12787246	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g22750
SBS	Chr1	16628943	G-A	HET
SBS	Chr1	39039411	A-G	HET
SBS	Chr1	39955192	G-T	HET
SBS	Chr1	5920147	A-C	HET
SBS	Chr1	6416828	C-A	HET
SBS	Chr10	12594481	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g24540
SBS	Chr10	6787238	A-T	HET
SBS	Chr11	21074471	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g35880
SBS	Chr12	13347113	A-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g23570
SBS	Chr12	20898814	T-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g34524
SBS	Chr12	3589482	A-T	HET
SBS	Chr12	5171961	T-C	HET
SBS	Chr12	744949	T-C	HET
SBS	Chr12	8006504	T-A	HET
SBS	Chr2	16521861	G-T	HET
SBS	Chr2	21055392	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g35080
SBS	Chr2	24916474	C-T	HET
SBS	Chr3	18702130	G-A	HET
SBS	Chr3	25718019	G-A	HET
SBS	Chr3	3002696	G-A	HET
SBS	Chr4	16412181	C-T	HET
SBS	Chr4	22938336	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g38600
SBS	Chr4	23049031	C-T	HET
SBS	Chr4	26633845	C-A	HET
SBS	Chr5	10871068	T-A	HET
SBS	Chr5	11792549	C-G	HET
SBS	Chr5	13540701	G-A	Homo
SBS	Chr5	19041069	G-T	HET
SBS	Chr5	19111623	G-A	Homo
SBS	Chr5	24890646	T-C	Homo
SBS	Chr6	4673354	A-T	Homo
SBS	Chr6	5781018	T-C	HET
SBS	Chr7	11820001	T-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g20460
SBS	Chr7	20064364	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g33580
SBS	Chr7	20650197	C-T	HET
SBS	Chr7	27266278	G-A	HET
SBS	Chr8	26830392	A-T	HET
SBS	Chr8	26830393	T-A	HET
SBS	Chr8	8884924	C-T	Homo
SBS	Chr8	8962390	C-T	HET
SBS	Chr9	1004243	C-T	Homo
SBS	Chr9	10913480	T-C	Homo
SBS	Chr9	11285332	C-T	HET
SBS	Chr9	17932399	C-A	HET
SBS	Chr9	1831684	C-A	HET
SBS	Chr9	22457302	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g39120
SBS	Chr9	2560159	T-A	HET
SBS	Chr9	2560160	T-A	HET
SBS	Chr9	3420464	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g07060
SBS	Chr9	4147353	C-T	HET
SBS	Chr9	9354387	C-G	Homo

Deletions: 14

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr6	4915801	4915802	1
Deletion	Chr1	6546653	6546655	2
Deletion	Chr4	8179229	8179237	8	LOC_Os04g14580
Deletion	Chr6	8808457	8808458	1
Deletion	Chr1	9500001	9510000	9999	2
Deletion	Chr9	10423773	10423779	6
Deletion	Chr5	12019469	12019470	1
Deletion	Chr5	14097629	14097630	1	LOC_Os05g24380
Deletion	Chr7	14319296	14319302	6
Deletion	Chr9	16022951	16022954	3
Deletion	Chr1	19025342	19025344	2
Deletion	Chr12	19467951	19467957	6
Deletion	Chr7	27094005	27094006	1	LOC_Os07g45410
Deletion	Chr1	28013318	28013332	14	LOC_Os01g48820

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	5943189	5943194	6
Insertion	Chr5	1861291	1861292	2
Insertion	Chr6	1309350	1309351	2
Insertion	Chr6	25585760	25585761	2
Insertion	Chr7	4843878	4843878	1	LOC_Os07g09240

No Inversion

Translocations: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr4	11225789	Chr1	13093233	2

Main menu

You are here

Search Nipponbare