Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 48

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	12516979	C-T	HET
SBS	Chr1	15027501	C-A	HET
SBS	Chr1	21058841	A-T	HET
SBS	Chr1	21589003	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g38420
SBS	Chr1	2390073	T-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g05100
SBS	Chr1	2390075	G-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g05100
SBS	Chr1	35042409	C-T	HET
SBS	Chr11	10063022	A-G	HET
SBS	Chr11	13640952	C-A	HET
SBS	Chr11	15308649	T-C	HET
SBS	Chr11	16625921	C-T	HET
SBS	Chr11	19299572	C-T	HET
SBS	Chr11	21323836	C-T	HET
SBS	Chr11	21531936	C-G	HET
SBS	Chr12	18714102	C-T	HET
SBS	Chr12	24488442	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g39660
SBS	Chr12	8095658	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g14240
SBS	Chr2	15586330	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g26550
SBS	Chr2	21696292	C-T	Homo
SBS	Chr2	29179436	G-A	Homo
SBS	Chr2	32666170	T-C	HET
SBS	Chr2	3520128	A-T	HET
SBS	Chr2	509026	C-A	HET
SBS	Chr2	509027	A-T	HET
SBS	Chr3	3513253	G-A	HET
SBS	Chr4	1481868	A-C	HET
SBS	Chr4	21621831	T-C	HET
SBS	Chr4	4451680	G-T	HET
SBS	Chr5	16210547	G-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os05g27810
SBS	Chr5	22445980	G-A	Homo
SBS	Chr5	23388665	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g39800
SBS	Chr5	29120373	G-A	Homo
SBS	Chr6	15150951	C-T	HET	SPLICE_SITE_DONOR	LOC_Os06g25900
SBS	Chr6	9849477	G-A	HET
SBS	Chr7	13214038	G-C	HET
SBS	Chr7	15982976	T-C	HET
SBS	Chr7	28369339	A-T	HET
SBS	Chr7	8762155	G-C	HET
SBS	Chr7	8762247	G-C	HET
SBS	Chr8	21129065	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g33780
SBS	Chr8	21340132	G-A	HET
SBS	Chr8	25833341	C-A	HET
SBS	Chr8	25984846	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g41120
SBS	Chr8	5404626	T-C	Homo
SBS	Chr9	12537575	T-C	HET
SBS	Chr9	13528878	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g22400
SBS	Chr9	18872112	T-A	Homo
SBS	Chr9	3903709	A-T	HET

Deletions: 14

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr5	188723	188736	13
Deletion	Chr11	797925	797934	9
Deletion	Chr11	3412722	3412737	15
Deletion	Chr7	4597361	4597380	19	LOC_Os07g08870
Deletion	Chr1	5099328	5099330	2
Deletion	Chr10	14937715	14937723	8
Deletion	Chr8	17579562	17579583	21
Deletion	Chr6	23369879	23369882	3
Deletion	Chr1	24303989	24304000	11
Deletion	Chr11	24746578	24746579	1	LOC_Os11g41280
Deletion	Chr4	25700610	25700622	12
Deletion	Chr3	29189715	29189724	9
Deletion	Chr3	31771428	31771429	1
Deletion	Chr4	34500786	34500791	5

Insertions: 1

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr4	23615532	23615533	2

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr12	11868497	11910694	LOC_Os12g20324
Inversion	Chr6	12823711	12824055

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	4258782	Chr4	4257957
Translocation	Chr4	6752488	Chr2	4468729	2
Translocation	Chr6	10790937	Chr1	2067479
Translocation	Chr7	17464569	Chr1	13716954
Translocation	Chr6	20735290	Chr1	21572989

Main menu