Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 52

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	11588451	T-G	HET
SBS	Chr1	12686863	A-G	HET
SBS	Chr1	15873160	G-A	Homo
SBS	Chr1	20487898	A-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g36830
SBS	Chr1	24321485	T-C	HET
SBS	Chr1	24759701	G-C	HET
SBS	Chr1	24759702	G-A	HET
SBS	Chr1	28174436	T-C	HET
SBS	Chr1	41239313	T-A	HET
SBS	Chr10	15239309	T-A	HET
SBS	Chr10	15516961	T-G	HET
SBS	Chr10	383740	T-C	HET
SBS	Chr10	803716	A-G	HET
SBS	Chr11	20395570	C-T	HET
SBS	Chr11	24928136	C-T	HET
SBS	Chr11	24928137	A-T	HET
SBS	Chr12	16336103	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g27700
SBS	Chr12	17277408	C-T	HET
SBS	Chr12	17595713	G-C	HET
SBS	Chr2	21942566	C-T	HET
SBS	Chr2	22615005	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g37460
SBS	Chr2	30856384	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g50530
SBS	Chr2	31293070	C-T	HET
SBS	Chr2	3525358	T-G	HET
SBS	Chr3	15535156	C-G	HET
SBS	Chr3	16212750	T-A	HET
SBS	Chr3	546001	C-T	HET
SBS	Chr4	11901980	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g21140
SBS	Chr4	23427262	T-A	Homo
SBS	Chr4	30557909	A-G	HET
SBS	Chr4	30745510	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g51840
SBS	Chr4	34886243	G-T	HET
SBS	Chr5	11730772	C-T	HET
SBS	Chr5	14641284	T-G	HET
SBS	Chr5	15697565	C-T	HET
SBS	Chr5	20542035	T-C	HET
SBS	Chr5	417247	G-T	HET
SBS	Chr5	417248	A-T	HET
SBS	Chr6	15365552	G-C	HET
SBS	Chr6	20120902	T-G	HET
SBS	Chr6	28603165	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g47170
SBS	Chr6	28603166	A-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g47170
SBS	Chr7	27991206	C-T	HET
SBS	Chr7	4347026	T-A	HET
SBS	Chr7	6022004	G-A	HET
SBS	Chr8	11338531	A-G	HET
SBS	Chr8	11524012	C-T	HET
SBS	Chr8	17555664	C-T	HET
SBS	Chr8	21312823	C-T	HET
SBS	Chr8	23815433	C-T	Homo
SBS	Chr8	6188870	G-T	Homo
SBS	Chr9	22007946	T-C	Homo

Deletions: 13

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr7	47399	47407	8
Deletion	Chr8	508858	508869	11
Deletion	Chr6	7301224	7301225	1	LOC_Os06g13270
Deletion	Chr9	8164245	8164246	1
Deletion	Chr9	10066747	10066749	2
Deletion	Chr2	10140847	10140849	2
Deletion	Chr11	10978987	10978994	7
Deletion	Chr12	15989000	15989008	8
Deletion	Chr10	16052745	16052784	39	LOC_Os10g30820
Deletion	Chr7	18376400	18376401	1
Deletion	Chr4	20756980	20756981	1
Deletion	Chr12	26528298	26528308	10
Deletion	Chr1	27613001	27807000	193999	28

No Insertion

No Inversion

Translocations: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	130894	Chr4	23247558	LOC_Os12g01220
Translocation	Chr12	130903	Chr4	23268459	LOC_Os12g01220
Translocation	Chr10	4000966	Chr7	3512212
Translocation	Chr8	17449731	Chr5	27670551
Translocation	Chr7	24466975	Chr6	28709135	LOC_Os07g40830
Translocation	Chr7	25127591	Chr2	21836310

Main menu