Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 49

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	15964517	G-A	HET
SBS	Chr1	3357823	C-T	HET
SBS	Chr1	37925468	G-T	HET
SBS	Chr1	39479532	C-T	HET
SBS	Chr10	15367154	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g29560
SBS	Chr10	15572470	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g30000
SBS	Chr10	4777203	A-G	HET
SBS	Chr11	13294811	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g23100
SBS	Chr11	17903727	G-C	HET
SBS	Chr11	26129860	G-A	HET
SBS	Chr11	7953533	T-A	HET
SBS	Chr11	9043034	A-G	HET
SBS	Chr11	9854716	G-T	HET
SBS	Chr12	21864660	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g35880
SBS	Chr12	22335654	G-C	HET
SBS	Chr12	9793157	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g17100
SBS	Chr2	20018994	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g33620
SBS	Chr2	35585473	G-A	Homo
SBS	Chr2	9210795	C-G	HET
SBS	Chr3	261056	C-T	Homo
SBS	Chr3	36410328	A-G	HET
SBS	Chr3	9556922	A-C	Homo
SBS	Chr4	10288344	G-A	HET
SBS	Chr4	29153756	G-A	HET
SBS	Chr4	5066603	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g09460
SBS	Chr4	8829256	C-A	HET
SBS	Chr5	14120674	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g24460
SBS	Chr5	14878393	C-G	HET
SBS	Chr5	15898557	C-G	HET
SBS	Chr5	27877184	T-C	HET
SBS	Chr5	29783043	G-A	HET
SBS	Chr6	12672722	C-T	Homo
SBS	Chr6	14712545	A-T	Homo
SBS	Chr6	15801515	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g27880
SBS	Chr6	15843345	G-T	Homo
SBS	Chr6	17652576	T-A	Homo
SBS	Chr6	27956423	T-C	Homo
SBS	Chr6	7982698	C-T	Homo
SBS	Chr7	17701032	G-A	HET
SBS	Chr7	20023794	T-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g33500
SBS	Chr7	20401329	C-T	Homo
SBS	Chr7	22079592	C-T	Homo
SBS	Chr7	24100124	T-A	HET
SBS	Chr7	8437178	G-T	Homo
SBS	Chr8	6338575	T-C	HET
SBS	Chr8	7539273	C-T	HET
SBS	Chr9	16376155	G-A	HET
SBS	Chr9	7847293	C-T	Homo
SBS	Chr9	9998858	G-A	HET

Deletions: 13

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr11	603687	603688	1
Deletion	Chr6	5381965	5381966	1
Deletion	Chr11	7775001	7819000	43999	7
Deletion	Chr2	7925001	7963000	37999	4
Deletion	Chr8	9140001	9148000	7999
Deletion	Chr1	10443199	10443207	8
Deletion	Chr10	12312212	12312217	5
Deletion	Chr2	19075817	19075821	4
Deletion	Chr6	20262398	20262399	1
Deletion	Chr9	21170308	21170309	1
Deletion	Chr6	25958565	25958570	5
Deletion	Chr1	26317392	26317410	18
Deletion	Chr2	31338308	31338311	3	LOC_Os02g51210

Insertions: 6

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr10	21714945	21714946	2
Insertion	Chr11	22105273	22105273	1
Insertion	Chr11	9783639	9783639	1
Insertion	Chr12	26636993	26636996	4
Insertion	Chr6	27127559	27127560	2
Insertion	Chr6	7606256	7606258	3

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr7	9582428	9710571	2
Inversion	Chr7	9582445	9710583	2

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr11	6239638	Chr1	11667832
Translocation	Chr11	7842111	Chr4	17430870	2
Translocation	Chr12	15658464	Chr8	15380492
Translocation	Chr6	17270453	Chr2	22538977
Translocation	Chr11	28093710	Chr7	21747120

Main menu