Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 54

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	20693546	G-T	Homo
SBS	Chr1	2924042	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g06130
SBS	Chr1	32211499	C-T	HET
SBS	Chr1	38077418	C-T	HET
SBS	Chr1	42332043	A-T	HET
SBS	Chr1	42332044	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g72980
SBS	Chr1	42421958	G-A	HET
SBS	Chr10	20713315	G-C	Homo
SBS	Chr10	5791189	A-G	Homo
SBS	Chr11	12717736	T-A	HET
SBS	Chr11	16794205	G-A	HET
SBS	Chr12	18713926	C-T	HET
SBS	Chr2	13386087	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g22410
SBS	Chr2	23972763	A-G	HET
SBS	Chr3	25066894	T-A	HET
SBS	Chr3	26371407	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g46590
SBS	Chr3	34293024	T-C	HET
SBS	Chr3	36199618	C-T	Homo
SBS	Chr3	6509470	G-T	HET
SBS	Chr3	8185824	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g15000
SBS	Chr4	10506590	G-T	Homo
SBS	Chr4	10506591	C-T	Homo
SBS	Chr4	10506592	G-T	Homo
SBS	Chr4	11456270	C-A	HET
SBS	Chr4	29221252	G-A	Homo
SBS	Chr5	135360	G-T	Homo
SBS	Chr5	14077894	T-A	HET
SBS	Chr5	20919093	T-A	Homo
SBS	Chr5	20919094	T-A	Homo
SBS	Chr5	21705796	T-A	HET
SBS	Chr5	7954215	C-T	HET
SBS	Chr5	8012709	G-A	HET
SBS	Chr6	1071541	C-T	Homo
SBS	Chr6	10956685	A-T	HET
SBS	Chr6	21350551	T-C	HET
SBS	Chr6	21350552	T-C	HET
SBS	Chr6	22036801	T-A	HET
SBS	Chr6	22036802	T-A	HET
SBS	Chr6	22864345	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g38590
SBS	Chr6	4326127	T-C	HET
SBS	Chr6	4763333	T-C	HET
SBS	Chr6	985207	A-C	Homo
SBS	Chr7	12803509	T-A	HET
SBS	Chr7	29464451	C-G	HET
SBS	Chr8	10834489	C-T	HET
SBS	Chr8	10882539	A-T	HET
SBS	Chr8	10882540	A-T	HET
SBS	Chr8	16047652	T-A	Homo
SBS	Chr8	18060373	T-C	Homo
SBS	Chr8	6748748	C-T	HET
SBS	Chr9	19057231	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g31960
SBS	Chr9	3339553	G-A	Homo
SBS	Chr9	3873116	C-T	Homo
SBS	Chr9	6329388	C-T	HET

Deletions: 13

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr6	1071792	1071797	5
Deletion	Chr5	2239796	2239810	14
Deletion	Chr9	3072980	3072981	1
Deletion	Chr2	3827375	3827377	2
Deletion	Chr12	4659405	4659412	7
Deletion	Chr1	9701091	9701092	1
Deletion	Chr5	10241402	10241405	3
Deletion	Chr1	15679154	15679170	16
Deletion	Chr8	17546455	17546456	1
Deletion	Chr1	19517186	19517188	2	LOC_Os01g35254
Deletion	Chr2	22811033	22811034	1
Deletion	Chr4	29226572	29226587	15
Deletion	Chr1	40113001	40138000	24999	4

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr4	6739816	6739817	2
Insertion	Chr7	19376488	19376489	2
Insertion	Chr7	23474254	23474254	1

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr10	1465198	1469265	2
Inversion	Chr10	1465226	1469269	2

Translocations: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr6	987880	Chr1	9604542
Translocation	Chr10	21174111	Chr1	9593439	LOC_Os10g39620
Translocation	Chr9	21400560	Chr2	18636877	LOC_Os09g37110
Translocation	Chr12	22022330	Chr4	15487650
Translocation	Chr9	22652331	Chr7	22374396
Translocation	Chr9	22653039	Chr7	22374393

Main menu