Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 28

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	16917043	T-G	HET
SBS	Chr1	18356074	G-T	HET
SBS	Chr1	23923129	A-C	HET
SBS	Chr1	8751484	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g15580
SBS	Chr10	4585961	A-T	HET
SBS	Chr10	4585967	A-T	HET
SBS	Chr11	11028920	G-C	HET
SBS	Chr11	20193655	G-A	Homo
SBS	Chr11	21018922	G-T	HET
SBS	Chr11	22348935	C-A	HET
SBS	Chr12	16130672	A-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g27400
SBS	Chr12	16916186	T-C	HET
SBS	Chr12	3716454	G-T	HET
SBS	Chr2	4409980	T-A	HET
SBS	Chr3	33702244	G-A	HET
SBS	Chr4	12863449	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g22690
SBS	Chr4	33128932	C-T	HET
SBS	Chr5	101221	T-C	Homo
SBS	Chr5	11278407	C-A	HET
SBS	Chr5	24964164	C-A	HET
SBS	Chr5	28925471	C-T	HET
SBS	Chr6	14530523	G-A	HET
SBS	Chr6	31200796	A-C	HET
SBS	Chr6	8378402	A-C	Homo
SBS	Chr7	26105860	G-A	HET
SBS	Chr8	28080198	C-A	Homo
SBS	Chr9	10228598	T-C	HET
SBS	Chr9	5730894	G-A	HET

Deletions: 9

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr5	7264824	7264844	20
Deletion	Chr4	13263963	13263965	2
Deletion	Chr1	16907493	16907495	2	LOC_Os01g30956
Deletion	Chr3	17679463	17679500	37
Deletion	Chr3	18002530	18002536	6
Deletion	Chr6	23093673	23093674	1
Deletion	Chr4	28105001	28217000	111999	23
Deletion	Chr3	28191016	28191017	1
Deletion	Chr1	31384714	31384716	2

Insertions: 8

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	16895894	16895894	1
Insertion	Chr1	19663187	19663187	1
Insertion	Chr10	18545429	18545429	1
Insertion	Chr4	15715312	15715312	1
Insertion	Chr4	25023187	25023188	2
Insertion	Chr4	7947891	7947891	1
Insertion	Chr7	17560179	17560180	2
Insertion	Chr8	11235992	11235992	1

No Inversion

Translocations: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr3	22994966	Chr2	13225690	2
Translocation	Chr11	27760941	Chr7	26193285	LOC_Os11g45890

Main menu