Search Nipponbare

Mutant Information

SOS indicates the sequenced line is sterile and seeds from siblings are available.

Variant Information

Single base substitutions: 41

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	1570831	T-C	Homo
SBS	Chr1	18770095	G-A	Homo
SBS	Chr1	40152356	A-T	HET
SBS	Chr1	6769739	A-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g12390
SBS	Chr1	7041431	T-C	HET
SBS	Chr1	7986579	A-C	HET
SBS	Chr10	19870819	G-T	HET
SBS	Chr10	3904257	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g07390
SBS	Chr11	23510447	C-T	HET
SBS	Chr11	23510455	A-T	HET
SBS	Chr12	18829012	T-A	HET
SBS	Chr12	51939	G-A	HET
SBS	Chr2	1345843	G-T	Homo
SBS	Chr2	14211255	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g24520
SBS	Chr2	21524567	C-T	Homo
SBS	Chr2	4760785	G-C	Homo
SBS	Chr2	7217475	A-G	HET
SBS	Chr3	22998863	C-A	Homo
SBS	Chr4	12847106	G-A	HET
SBS	Chr4	7751332	C-G	HET
SBS	Chr5	13932120	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g24150
SBS	Chr5	13932122	G-A	HET
SBS	Chr5	14509751	A-T	HET
SBS	Chr5	24727971	A-T	Homo
SBS	Chr5	27310951	T-A	HET
SBS	Chr5	4136764	G-A	HET
SBS	Chr5	5612189	T-C	HET
SBS	Chr5	5612190	C-G	HET
SBS	Chr6	22359023	G-A	Homo
SBS	Chr6	3032581	A-G	HET
SBS	Chr7	14246193	C-T	HET
SBS	Chr7	14859514	G-A	HET
SBS	Chr7	17475594	C-A	HET
SBS	Chr7	26191854	A-C	HET
SBS	Chr7	9555140	T-A	HET
SBS	Chr8	10958432	A-G	Homo
SBS	Chr8	17998082	A-G	Homo
SBS	Chr8	4003237	A-C	Homo
SBS	Chr9	18066590	G-A	HET
SBS	Chr9	18943965	T-G	HET
SBS	Chr9	5428340	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g09970

Deletions: 11

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr9	2515720	2515741	21
Deletion	Chr2	5865783	5865785	2
Deletion	Chr1	6354401	6354402	1	LOC_Os01g11740
Deletion	Chr9	8563369	8563371	2	LOC_Os09g14480
Deletion	Chr1	9488001	9509000	20999	3
Deletion	Chr11	11097001	11132000	34999	3
Deletion	Chr1	13248001	13262000	13999	LOC_Os01g23590
Deletion	Chr11	13336782	13336793	11
Deletion	Chr12	13913733	13913738	5
Deletion	Chr3	27345028	27345030	2
Deletion	Chr6	28211001	28226000	14999	LOC_Os06g46475

Insertions: 7

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr10	2805544	2805544	1
Insertion	Chr10	3205060	3205062	3
Insertion	Chr11	18198569	18198569	1	LOC_Os11g31220
Insertion	Chr4	3853765	3853767	3	LOC_Os04g07260
Insertion	Chr6	16450784	16450838	55	LOC_Os06g28850
Insertion	Chr7	12157728	12157728	1
Insertion	Chr8	17273103	17273104	2

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr11	10931708	11099579
Inversion	Chr11	10931719	11132343	2

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	15776587	Chr3	34340975	2
Translocation	Chr10	17213176	Chr6	27934772	2
Translocation	Chr6	23399511	Chr5	365671	2
Translocation	Chr12	24332926	Chr3	7386429
Translocation	Chr11	24830135	Chr10	20543868

Main menu