Search Nipponbare

Mutant Information

Mutant Name	FN3387-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN3387-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 59

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	14711726	C-T	HET
SBS	Chr1	15426404	G-C	HET
SBS	Chr1	20226927	C-G	HET
SBS	Chr1	22665269	C-T	HET
SBS	Chr1	27206905	T-A	HET
SBS	Chr1	35462489	G-A	HET
SBS	Chr1	40038661	T-C	HET
SBS	Chr1	8449250	C-T	HET
SBS	Chr10	13596520	G-A	HET
SBS	Chr10	3842973	C-G	HET
SBS	Chr11	14719169	C-A	HET
SBS	Chr11	16084954	G-T	HET
SBS	Chr11	18318609	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g31390
SBS	Chr11	23899845	T-A	Homo
SBS	Chr12	11363379	A-T	Homo
SBS	Chr12	12829338	G-A	Homo
SBS	Chr12	1547159	T-C	HET
SBS	Chr12	15723995	T-C	HET
SBS	Chr12	23860872	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g38830
SBS	Chr12	23923602	T-A	HET
SBS	Chr2	5611364	A-G	HET
SBS	Chr3	10142804	A-T	HET
SBS	Chr3	10680431	A-G	HET
SBS	Chr3	16280520	A-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g28289
SBS	Chr3	19383665	A-C	HET
SBS	Chr3	21476012	G-A	Homo
SBS	Chr3	23622225	C-A	HET
SBS	Chr3	27451574	C-T	HET
SBS	Chr3	30157618	C-T	Homo
SBS	Chr3	5648203	T-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g10990
SBS	Chr4	24087813	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g40560
SBS	Chr4	27093125	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g45780
SBS	Chr4	27160620	A-G	Homo
SBS	Chr4	34011758	G-T	HET
SBS	Chr4	7019832	G-A	HET
SBS	Chr4	9212804	G-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g16810
SBS	Chr5	12804950	G-A	Homo
SBS	Chr5	19428225	C-G	HET
SBS	Chr5	23363757	C-T	HET
SBS	Chr5	5008305	C-T	HET
SBS	Chr6	10454091	C-T	HET
SBS	Chr6	12608987	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g21830
SBS	Chr6	6332625	C-A	HET
SBS	Chr7	10145095	G-T	HET
SBS	Chr7	10524864	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g17790
SBS	Chr7	12403177	C-T	HET
SBS	Chr7	15480822	G-T	HET
SBS	Chr7	21393133	C-T	HET
SBS	Chr7	21393135	A-C	HET
SBS	Chr7	22988869	T-A	HET
SBS	Chr7	26844200	G-A	Homo
SBS	Chr7	3519047	C-A	HET
SBS	Chr7	8563563	A-G	HET
SBS	Chr7	898606	T-C	HET
SBS	Chr8	12628745	C-G	HET
SBS	Chr8	15545097	C-T	HET
SBS	Chr8	3595828	A-G	Homo
SBS	Chr9	3997712	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g07860
SBS	Chr9	6498645	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os09g11640

Deletions: 17

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr11	719532	719533	1
Deletion	Chr11	2971334	2971338	4
Deletion	Chr4	3735891	3735892	1	LOC_Os04g07020
Deletion	Chr4	5548338	5548339	1	LOC_Os04g10270
Deletion	Chr12	6912403	6912407	4	LOC_Os12g12560
Deletion	Chr9	7253929	7253998	69
Deletion	Chr11	12790295	12790296	1
Deletion	Chr10	13815480	13815485	5
Deletion	Chr11	19154339	19154349	10
Deletion	Chr9	20993213	20993214	1
Deletion	Chr8	23172154	23172156	2
Deletion	Chr3	23634021	23634023	2
Deletion	Chr1	23718322	23718328	6
Deletion	Chr2	23915001	23940000	24999	LOC_Os02g39640
Deletion	Chr7	24043380	24043392	12	LOC_Os07g40050
Deletion	Chr7	28186419	28186420	1
Deletion	Chr3	32554164	32554166	2

Insertions: 2

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr4	8177215	8177215	1
Insertion	Chr8	11819534	11819534	1

Inversions: 6

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr2	6831603	6969729	2
Inversion	Chr2	6831607	6969741	2
Inversion	Chr3	20672733	21208542	2
Inversion	Chr3	20672735	21208549	2
Inversion	Chr2	23232144	23232312
Inversion	Chr1	28058486	28058769	LOC_Os01g48900

Translocations: 9

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	1609517	Chr8	2830837
Translocation	Chr10	1609838	Chr8	2830861
Translocation	Chr11	5025428	Chr8	3815240
Translocation	Chr3	5504283	Chr1	38091882	2
Translocation	Chr10	8050300	Chr8	18696417	LOC_Os10g15210
Translocation	Chr12	8540937	Chr1	39127625	LOC_Os12g14930
Translocation	Chr5	9171432	Chr3	25355901	2
Translocation	Chr4	16584622	Chr2	20382715	LOC_Os04g28090
Translocation	Chr6	20576932	Chr4	9404447

Main menu

You are here

Search Nipponbare