Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 49

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	11671269	G-T	HET
SBS	Chr1	2149618	C-T	HET
SBS	Chr1	38293570	T-C	HET
SBS	Chr1	6204160	C-T	HET
SBS	Chr1	6430414	G-A	HET
SBS	Chr10	10450819	A-G	HET
SBS	Chr10	14486204	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g27460
SBS	Chr10	695817	G-A	HET
SBS	Chr10	8145040	C-T	HET
SBS	Chr11	11543460	C-T	HET
SBS	Chr11	16486652	G-A	HET
SBS	Chr11	2768880	T-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g05890
SBS	Chr12	11839765	T-C	HET
SBS	Chr12	8209694	C-T	HET
SBS	Chr12	9420718	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g16450
SBS	Chr2	12259061	G-T	HET
SBS	Chr2	24671328	C-T	Homo
SBS	Chr2	26064146	G-A	Homo
SBS	Chr2	26296263	C-A	Homo
SBS	Chr2	5895728	G-A	HET
SBS	Chr3	14998675	C-T	HET
SBS	Chr3	23547441	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g42320
SBS	Chr3	25906573	T-C	HET
SBS	Chr3	9090970	G-A	Homo
SBS	Chr3	9121343	G-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g16540
SBS	Chr4	16769301	C-T	HET
SBS	Chr4	28417847	T-C	HET
SBS	Chr4	30068275	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g50830
SBS	Chr4	33995007	C-A	HET
SBS	Chr4	34847663	A-C	HET
SBS	Chr4	4731888	G-A	HET
SBS	Chr4	8575610	C-G	HET
SBS	Chr5	16750796	A-T	HET
SBS	Chr5	16750797	C-T	HET
SBS	Chr5	21076602	C-T	HET
SBS	Chr5	21517898	T-A	HET
SBS	Chr5	2392757	G-A	HET
SBS	Chr5	24583216	C-T	HET
SBS	Chr5	29203725	T-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g50890
SBS	Chr5	4865390	G-T	Homo
SBS	Chr5	818597	A-T	Homo
SBS	Chr5	8844724	C-T	HET
SBS	Chr6	12524160	A-T	HET
SBS	Chr6	17170171	T-A	HET
SBS	Chr6	25334967	C-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g42200
SBS	Chr6	29588364	C-T	HET
SBS	Chr7	15704616	T-C	HET
SBS	Chr7	3608143	T-C	HET
SBS	Chr8	7455762	T-A	HET

Deletions: 17

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr3	135001	186000	50999	7
Deletion	Chr3	699632	699641	9
Deletion	Chr2	2072717	2072718	1
Deletion	Chr5	4814172	4814215	43	LOC_Os05g08770
Deletion	Chr6	5003001	5036000	32999	7
Deletion	Chr10	5006252	5006253	1
Deletion	Chr11	6041278	6041286	8
Deletion	Chr12	6708353	6708354	1
Deletion	Chr4	7544760	7544763	3
Deletion	Chr4	7686697	7686701	4
Deletion	Chr6	7731772	7731774	2
Deletion	Chr6	9502884	9502887	3
Deletion	Chr4	11929517	11929519	2
Deletion	Chr8	17545555	17545556	1
Deletion	Chr5	25912001	26008000	95999	20
Deletion	Chr8	25973730	25973731	1	LOC_Os08g41090
Deletion	Chr1	26849192	26849197	5

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr10	18893420	18893420	1	LOC_Os10g35350
Insertion	Chr10	752229	752229	1	LOC_Os10g02190
Insertion	Chr6	1783137	1783137	1
Insertion	Chr7	27316836	27316836	1

Inversions: 2

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr12	1646120	1667190	2
Inversion	Chr5	25726858	25911284	2

Translocations: 8

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr5	157360	Chr3	183071	LOC_Os05g01230
Translocation	Chr12	1659541	Chr5	145408	2
Translocation	Chr8	5913852	Chr5	17138638	LOC_Os08g10200
Translocation	Chr12	6979890	Chr3	2404554	2
Translocation	Chr5	13933298	Chr1	31269223
Translocation	Chr12	15184220	Chr3	34394754	2
Translocation	Chr11	19695761	Chr7	8781089	LOC_Os11g33300
Translocation	Chr8	24983081	Chr4	31648224	2

Main menu