Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 31

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	38166369	C-T	HET
SBS	Chr10	18052207	T-C	HET
SBS	Chr10	7461546	G-A	HET
SBS	Chr11	11001511	T-A	HET
SBS	Chr11	2863494	A-G	Homo
SBS	Chr11	3769390	G-T	Homo
SBS	Chr12	14608850	A-G	HET
SBS	Chr12	15230692	C-A	HET
SBS	Chr2	27402699	G-T	HET
SBS	Chr2	31985048	T-A	HET
SBS	Chr2	32082179	C-A	HET	SPLICE_SITE_DONOR	LOC_Os02g52420
SBS	Chr2	8588329	A-G	Homo
SBS	Chr3	13633165	A-T	HET
SBS	Chr3	13633166	C-T	HET
SBS	Chr3	14012433	T-G	HET
SBS	Chr3	14420120	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g25240
SBS	Chr3	19081142	T-A	HET
SBS	Chr3	30547568	G-A	HET
SBS	Chr4	19240726	C-A	HET
SBS	Chr4	21069014	T-A	HET
SBS	Chr4	8403089	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g14950
SBS	Chr7	12733007	G-A	Homo
SBS	Chr7	27327489	T-A	HET
SBS	Chr7	5740516	T-G	Homo
SBS	Chr8	14282819	G-A	HET
SBS	Chr8	24461291	G-C	HET
SBS	Chr8	2607775	G-A	HET
SBS	Chr9	15448836	A-C	HET
SBS	Chr9	17872374	C-T	HET
SBS	Chr9	20265974	A-C	HET
SBS	Chr9	7447645	A-T	Homo

Deletions: 11

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr6	1503081	1503087	6
Deletion	Chr2	1535794	1535795	1
Deletion	Chr4	2571328	2571330	2	LOC_Os04g05160
Deletion	Chr7	3715958	3715977	19
Deletion	Chr10	4663001	4739000	75999	18
Deletion	Chr2	11355232	11355238	6
Deletion	Chr12	20240099	20240100	1
Deletion	Chr8	21543001	21603000	59999	8
Deletion	Chr6	21694061	21694062	1
Deletion	Chr12	24331808	24331928	120
Deletion	Chr11	25501265	25501274	9

Insertions: 7

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr12	11540047	11540047	1
Insertion	Chr12	22706487	22706487	1
Insertion	Chr2	8412118	8412119	2
Insertion	Chr3	35541183	35541183	1
Insertion	Chr4	13207693	13207695	3
Insertion	Chr5	18856002	18856002	1
Insertion	Chr7	27597848	27597850	3

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr8	5450923	6035184	2
Inversion	Chr8	5450932	6035195	2
Inversion	Chr7	9602468	9893758

Translocations: 5

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr5	4510532	Chr1	39432684	LOC_Os05g08270
Translocation	Chr5	4511684	Chr1	39432730
Translocation	Chr6	22179951	Chr4	15939744	2
Translocation	Chr11	24238094	Chr5	27670672
Translocation	Chr11	24238101	Chr8	13369705

Main menu