Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 46

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	11769260	G-C	HET
SBS	Chr1	12942681	A-G	HET
SBS	Chr1	13747342	A-G	HET	STOP_LOST	LOC_Os01g24390
SBS	Chr1	16706101	A-G	HET
SBS	Chr1	16778591	C-T	HET
SBS	Chr1	28751326	C-T	HET
SBS	Chr10	7534783	T-A	HET
SBS	Chr12	12932499	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g22900
SBS	Chr12	14688152	C-T	HET
SBS	Chr12	2978397	T-G	Homo
SBS	Chr12	3222682	A-C	Homo
SBS	Chr2	15648141	G-A	Homo
SBS	Chr2	23205859	C-T	HET
SBS	Chr2	27899851	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g45800
SBS	Chr2	31303276	G-A	HET
SBS	Chr3	30143063	A-G	Homo
SBS	Chr3	31265836	G-C	HET
SBS	Chr3	7861347	C-G	HET
SBS	Chr4	12856187	G-A	Homo
SBS	Chr4	14908499	A-T	Homo
SBS	Chr4	23381239	G-A	Homo
SBS	Chr4	6114315	T-C	Homo
SBS	Chr5	13432304	G-A	HET
SBS	Chr5	13867050	C-T	Homo
SBS	Chr5	5154448	C-A	HET
SBS	Chr6	12012122	C-A	HET
SBS	Chr6	13196751	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g22690
SBS	Chr6	14971396	T-A	HET
SBS	Chr6	15160345	G-A	HET	STOP_GAINED	LOC_Os06g25910
SBS	Chr6	26945341	C-T	HET
SBS	Chr6	7001240	C-T	HET
SBS	Chr7	23960585	T-A	HET
SBS	Chr7	5175005	G-A	HET
SBS	Chr7	5959740	C-G	HET
SBS	Chr7	9996681	C-T	HET
SBS	Chr8	11002016	G-A	Homo
SBS	Chr8	1147356	G-A	HET
SBS	Chr8	17041758	G-A	Homo
SBS	Chr8	17598255	G-A	Homo
SBS	Chr8	21203175	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g33870
SBS	Chr8	21757101	G-A	HET
SBS	Chr8	25480274	A-G	Homo
SBS	Chr8	26491491	T-A	HET
SBS	Chr8	7170581	C-T	HET
SBS	Chr8	9601011	G-A	Homo
SBS	Chr9	15574360	C-T	HET

Deletions: 16

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr11	1365921	1365924	3
Deletion	Chr4	2872949	2873059	110
Deletion	Chr12	4720006	4720007	1
Deletion	Chr6	6817343	6817350	7
Deletion	Chr5	9390192	9390198	6
Deletion	Chr5	11256170	11256173	3	LOC_Os05g19380
Deletion	Chr5	11307187	11307196	9	LOC_Os05g19460
Deletion	Chr8	15790001	15859000	68999	10
Deletion	Chr12	16466454	16466458	4
Deletion	Chr5	17228032	17228040	8
Deletion	Chr11	19213912	19213913	1
Deletion	Chr6	23617001	23629000	11999	2
Deletion	Chr11	25055441	25056039	598
Deletion	Chr7	28133199	28133203	4
Deletion	Chr1	29239624	29239632	8
Deletion	Chr2	34833925	34833934	9

Insertions: 8

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Insertion	Chr1	41615973	41615973	1
Insertion	Chr12	21861348	21861351	4	LOC_Os12g35880
Insertion	Chr2	33351082	33351083	2
Insertion	Chr3	18407679	18407681	3
Insertion	Chr4	16813497	16813567	71
Insertion	Chr7	12286567	12286569	3
Insertion	Chr7	17322360	17322360	1
Insertion	Chr9	16204141	16204142	2

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr4	6345957	7191077	2
Inversion	Chr4	6345962	7191077	2
Inversion	Chr4	9308631	9308889	LOC_Os04g17010

Translocations: 7

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr9	10540260	Chr5	29777448
Translocation	Chr8	12577665	Chr4	2200028	2
Translocation	Chr12	16207505	Chr3	19315244	2
Translocation	Chr12	20935540	Chr2	19190558
Translocation	Chr7	25288151	Chr3	10130927	LOC_Os07g42250
Translocation	Chr12	27082008	Chr6	8332597
Translocation	Chr12	27167969	Chr6	16774720	2

Main menu