Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 53

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10145040	A-T	Homo
SBS	Chr1	28378703	A-G	HET
SBS	Chr1	40034268	T-C	HET
SBS	Chr1	43083944	G-T	HET
SBS	Chr10	13472029	G-A	HET
SBS	Chr10	14538625	G-T	HET
SBS	Chr10	16236947	C-A	HET
SBS	Chr10	9406931	C-G	HET
SBS	Chr11	11227431	C-G	HET
SBS	Chr11	11248705	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g19520
SBS	Chr11	15933379	T-A	HET
SBS	Chr11	21339723	C-T	HET
SBS	Chr11	23164197	T-A	HET
SBS	Chr12	12615099	G-A	HET
SBS	Chr12	16995202	C-T	HET
SBS	Chr12	2883131	T-G	HET
SBS	Chr12	693881	C-T	HET
SBS	Chr12	693882	C-T	HET
SBS	Chr2	3959736	T-A	Homo
SBS	Chr2	5511882	G-T	Homo
SBS	Chr2	6193169	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g11940
SBS	Chr3	1031935	T-C	HET
SBS	Chr3	20826523	G-A	HET
SBS	Chr3	28526674	G-T	HET
SBS	Chr3	32851904	C-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os03g57640
SBS	Chr4	10556072	G-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g18990
SBS	Chr4	12840587	C-G	HET
SBS	Chr4	1801419	G-A	HET
SBS	Chr4	333365	G-A	HET
SBS	Chr4	33813235	T-C	HET
SBS	Chr4	35456669	C-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g59624
SBS	Chr4	8701141	C-T	HET
SBS	Chr5	10037400	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g17470
SBS	Chr5	19732039	T-A	HET
SBS	Chr5	20321868	G-A	HET
SBS	Chr5	7588386	C-A	Homo
SBS	Chr5	7588387	C-T	Homo
SBS	Chr5	851362	T-C	HET
SBS	Chr6	20876600	G-A	HET
SBS	Chr6	22957634	C-T	HET
SBS	Chr6	31068887	C-A	HET
SBS	Chr7	1462646	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g03630
SBS	Chr7	20475695	T-A	HET
SBS	Chr7	4957727	A-T	Homo
SBS	Chr8	10654180	T-C	HET
SBS	Chr8	17005227	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g27900
SBS	Chr8	17131615	G-A	HET
SBS	Chr8	18186354	G-A	HET
SBS	Chr8	23068872	G-A	Homo
SBS	Chr8	3821109	C-G	HET
SBS	Chr9	14852181	G-A	HET
SBS	Chr9	5802068	G-A	HET
SBS	Chr9	9990836	T-C	HET

Deletions: 17

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr2	60490	60494	4
Deletion	Chr3	614294	614296	2
Deletion	Chr8	624214	624223	9
Deletion	Chr6	2290746	2290747	1
Deletion	Chr11	4355242	4355243	1
Deletion	Chr3	9153052	9153058	6
Deletion	Chr4	10807771	10807775	4
Deletion	Chr5	15399650	15399658	8
Deletion	Chr3	17248084	17248085	1
Deletion	Chr8	19355340	19355355	15
Deletion	Chr11	20742516	20742517	1
Deletion	Chr11	22339001	22396000	56999	6
Deletion	Chr8	24857013	24857017	4
Deletion	Chr8	25696338	25696341	3
Deletion	Chr4	25886258	25886259	1
Deletion	Chr11	28814788	28814789	1	LOC_Os11g47780
Deletion	Chr3	32940836	32940839	3	LOC_Os03g57808

Insertions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	16889877	16889878	2
Insertion	Chr11	22379469	22379519	51
Insertion	Chr11	26079459	26079459	1
Insertion	Chr4	14404125	14404125	1
Insertion	Chr5	14263528	14263535	8

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2
Inversion	Chr3	21496307	21642480
Inversion	Chr8	23593516	24303498
Inversion	Chr8	24303501	24306227

Translocations: 4

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	2399364	Chr6	1276278	2
Translocation	Chr9	7425615	Chr6	11410345
Translocation	Chr9	15783426	Chr3	21642474	LOC_Os09g26180
Translocation	Chr11	28796373	Chr2	16779300

Main menu