Search Results

Mutant Information

Mutant Name	FN3437-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN3437-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 61

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	10893280	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g19260
SBS	Chr1	16214153	G-A	HET
SBS	Chr1	21484273	G-A	HET
SBS	Chr1	25603220	C-A	HET
SBS	Chr2	11559723	G-A	Homo
SBS	Chr2	12838275	C-T	Homo
SBS	Chr2	26035593	C-T	HET
SBS	Chr2	26213596	G-T	Homo
SBS	Chr2	30176294	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g49390
SBS	Chr3	27065884	C-T	HET
SBS	Chr3	32652542	C-T	Homo
SBS	Chr4	2047803	G-A	Homo
SBS	Chr4	13045441	C-T	Homo
SBS	Chr4	14885653	A-T	Homo
SBS	Chr4	19756619	A-T	Homo
SBS	Chr4	27441010	G-T	Homo
SBS	Chr4	28018282	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g47180
SBS	Chr4	31375356	C-T	HET
SBS	Chr4	35460043	T-C	HET
SBS	Chr5	3659204	T-C	HET
SBS	Chr5	15314376	C-T	HET
SBS	Chr5	15456688	C-T	HET	STOP_GAINED	LOC_Os05g26600
SBS	Chr5	16189037	T-C	HET
SBS	Chr5	18582093	C-T	HET
SBS	Chr5	20860796	C-T	Homo
SBS	Chr6	2713180	G-T	HET
SBS	Chr6	2713182	A-T	HET
SBS	Chr6	4773861	G-A	HET
SBS	Chr6	7618800	A-C	HET
SBS	Chr6	11142859	A-G	HET
SBS	Chr6	15023837	C-T	HET
SBS	Chr6	17579194	A-T	HET
SBS	Chr6	28239544	A-T	HET
SBS	Chr6	28239545	C-T	HET
SBS	Chr7	8973012	G-A	Homo
SBS	Chr7	11936205	C-T	Homo
SBS	Chr7	15170724	G-C	HET
SBS	Chr7	18254536	A-T	Homo
SBS	Chr7	22533367	C-T	HET
SBS	Chr7	24214529	C-T	HET
SBS	Chr7	26014814	C-T	HET
SBS	Chr8	21073419	C-T	HET
SBS	Chr8	25669253	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g40550
SBS	Chr8	25694596	C-T	HET
SBS	Chr9	4500569	C-T	Homo
SBS	Chr9	13859577	G-A	HET
SBS	Chr10	13313934	G-A	HET
SBS	Chr10	21769224	A-T	HET
SBS	Chr11	1064887	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os11g03040
SBS	Chr11	3091260	C-T	HET
SBS	Chr11	9183869	C-T	HET
SBS	Chr11	16038284	C-A	HET
SBS	Chr11	16617092	C-G	Homo
SBS	Chr11	20783228	T-A	Homo
SBS	Chr12	3174284	G-A	HET
SBS	Chr12	3400031	T-A	HET
SBS	Chr12	11500530	A-G	HET
SBS	Chr12	20041176	T-A	HET
SBS	Chr12	20041183	G-A	HET
SBS	Chr12	22249474	C-A	HET
SBS	Chr12	22926480	G-A	HET

Deletions: 12

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr8	134335	134349	14
Deletion	Chr5	3502846	3502848	2
Deletion	Chr4	10996303	10996330	27
Deletion	Chr5	11707255	11707256	1
Deletion	Chr4	12778988	12778989	1	LOC_Os04g22570
Deletion	Chr4	13085161	13085166	5
Deletion	Chr9	18079311	18079334	23	LOC_Os09g29730
Deletion	Chr8	18869050	18869051	1
Deletion	Chr11	20312023	20312039	16
Deletion	Chr5	21989314	21989315	1	LOC_Os05g37580
Deletion	Chr5	23969448	23969451	3	LOC_Os05g40870
Deletion	Chr12	26676384	26676387	3	LOC_Os12g42930

Insertions: 6

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr8	4666851	4666851	1
Insertion	Chr8	7107677	7107678	2
Insertion	Chr1	26061634	26061653	20
Insertion	Chr3	24130566	24130569	4
Insertion	Chr3	31079944	31079944	1
Insertion	Chr4	4021831	4021831	1

Inversions: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr10	4339587	4658807	2
Inversion	Chr10	4339610	4658818	2
Inversion	Chr2	17807551	18495154	LOC_Os02g29960

Translocations: 9

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	2909987	Chr9	9885741	2
Translocation	Chr12	2909988	Chr10	18452923	2
Translocation	Chr12	2909997	Chr10	19846035
Translocation	Chr11	6225525	Chr5	16255670	2
Translocation	Chr10	8066806	Chr5	14979488	2
Translocation	Chr9	11617847	Chr4	13242539
Translocation	Chr5	13933298	Chr1	31269223
Translocation	Chr10	18452924	Chr9	9885382	2
Translocation	Chr5	20725910	Chr2	5558218	LOC_Os05g34880

Main menu

You are here

Search Results