Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 40

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr10	15152793	G-A	HET
SBS	Chr10	16672599	C-G	HET
SBS	Chr11	14480752	G-A	Homo
SBS	Chr11	3015969	T-C	Homo
SBS	Chr12	23632690	G-A	HET
SBS	Chr12	4532108	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g08800
SBS	Chr2	21008542	G-A	HET
SBS	Chr2	23765442	A-T	Homo
SBS	Chr2	3020268	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g06050
SBS	Chr2	30279597	C-T	HET
SBS	Chr3	20168725	G-A	HET
SBS	Chr3	22908693	T-C	HET
SBS	Chr3	33119671	C-A	HET
SBS	Chr3	4113651	A-T	Homo
SBS	Chr3	5473198	G-T	HET
SBS	Chr4	18112876	A-G	HET
SBS	Chr4	18303205	C-T	Homo
SBS	Chr4	6076727	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os04g11180
SBS	Chr5	10570151	G-A	HET
SBS	Chr5	14464831	A-G	HET
SBS	Chr5	20369899	T-A	Homo
SBS	Chr5	26315159	A-G	HET
SBS	Chr5	28664036	C-T	Homo
SBS	Chr5	29097108	A-G	HET
SBS	Chr6	17359155	G-A	HET
SBS	Chr6	20211010	G-A	HET
SBS	Chr6	30985252	G-A	HET
SBS	Chr6	4650330	G-A	HET
SBS	Chr7	15717268	C-T	HET
SBS	Chr7	21351429	C-T	Homo
SBS	Chr7	2314880	T-G	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g05190
SBS	Chr7	28288352	G-A	HET
SBS	Chr7	9398777	A-G	Homo
SBS	Chr7	9460137	A-G	HET
SBS	Chr8	13519029	C-T	HET
SBS	Chr8	15689149	G-A	HET
SBS	Chr8	17042013	G-A	HET
SBS	Chr8	17498743	G-A	Homo
SBS	Chr9	16281336	A-C	Homo
SBS	Chr9	8394142	C-T	HET

Deletions: 5

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Deletion	Chr10	5408001	5408006	5
Deletion	Chr5	7264824	7264844	20
Deletion	Chr1	16944312	16944467	155
Deletion	Chr7	24388627	24388641	14
Deletion	Chr4	30211408	30211420	12

Insertions: 6

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr11	15695868	15695869	2
Insertion	Chr11	22105273	22105273	1
Insertion	Chr12	20256830	20256830	1
Insertion	Chr2	25418011	25418065	55
Insertion	Chr2	9367128	9367128	1
Insertion	Chr8	2056581	2056582	2

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr7	12778972	12880046

Translocations: 13

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr10	2607525	Chr6	15332763	LOC_Os10g05270
Translocation	Chr2	2711938	Chr1	31966154
Translocation	Chr11	4907894	Chr4	7638606	2
Translocation	Chr11	7073666	Chr7	17406846	2
Translocation	Chr12	9802829	Chr6	7521453
Translocation	Chr4	11077549	Chr2	9471935	2
Translocation	Chr11	14213456	Chr6	8601947	2
Translocation	Chr7	18203257	Chr5	8789841
Translocation	Chr12	24881480	Chr5	12369373
Translocation	Chr8	25509024	Chr3	17936037	LOC_Os08g40290
Translocation	Chr6	27851585	Chr3	25863281
Translocation	Chr11	28480500	Chr4	3329757
Translocation	Chr4	34971751	Chr2	22516715

Main menu