Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 44

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	1778665	A-G	HET
SBS	Chr1	1778666	G-A	HET
SBS	Chr1	1778950	G-T	HET
SBS	Chr1	27867260	G-T	Homo
SBS	Chr1	28137802	A-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g49000
SBS	Chr1	35483229	A-T	HET
SBS	Chr1	38969335	C-A	Homo
SBS	Chr10	16300233	G-A	HET
SBS	Chr10	2796193	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g05600
SBS	Chr10	5121470	G-T	Homo
SBS	Chr10	8294518	A-C	HET
SBS	Chr11	2579105	C-T	HET
SBS	Chr11	8292203	C-T	HET
SBS	Chr12	22024770	A-C	HET
SBS	Chr12	24150291	G-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g39230
SBS	Chr2	12248275	A-T	HET
SBS	Chr2	12941501	C-T	HET
SBS	Chr2	12941508	G-T	HET
SBS	Chr2	17634726	C-T	HET
SBS	Chr2	18013012	T-C	HET
SBS	Chr2	19055619	A-G	HET
SBS	Chr2	22945869	T-C	HET
SBS	Chr2	31998688	G-C	HET
SBS	Chr3	14312569	A-T	HET
SBS	Chr3	19052135	G-A	HET
SBS	Chr3	27413643	C-T	HET
SBS	Chr3	29466340	G-T	HET
SBS	Chr3	32899562	A-T	HET
SBS	Chr3	347479	G-A	HET
SBS	Chr4	1323257	G-T	HET
SBS	Chr4	15498225	T-C	HET
SBS	Chr4	29170855	C-T	HET
SBS	Chr5	13917507	A-T	Homo
SBS	Chr6	10641339	G-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g18770
SBS	Chr6	11125225	G-A	HET
SBS	Chr6	12034262	T-C	Homo
SBS	Chr6	27358460	G-A	HET
SBS	Chr7	28418906	G-A	Homo
SBS	Chr7	3581881	G-T	HET
SBS	Chr7	7820723	G-C	Homo
SBS	Chr8	16873914	C-T	HET
SBS	Chr8	24784265	A-G	HET
SBS	Chr9	5500821	T-C	Homo
SBS	Chr9	8295366	A-C	HET

Deletions: 18

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr3	1124647	1124856	209
Deletion	Chr12	8491772	8491838	66
Deletion	Chr7	10812224	10812230	6	LOC_Os07g18240
Deletion	Chr2	11388429	11388437	8
Deletion	Chr4	11663448	11663451	3	LOC_Os04g20790
Deletion	Chr5	12626209	12626214	5
Deletion	Chr6	15382099	15382100	1
Deletion	Chr1	15735975	15735979	4
Deletion	Chr12	16186821	16186822	1
Deletion	Chr6	17373121	17373123	2
Deletion	Chr6	17428616	17428620	4
Deletion	Chr5	18077914	18077952	38
Deletion	Chr6	24225193	24225202	9	LOC_Os06g40630
Deletion	Chr2	24736441	24736444	3
Deletion	Chr11	24841015	24841055	40
Deletion	Chr2	28925001	28971000	45999	7
Deletion	Chr3	35820650	35820655	5
Deletion	Chr1	40256766	40256767	1

Insertions: 7

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr1	21094429	21094434	6
Insertion	Chr1	35238208	35238213	6
Insertion	Chr1	6673571	6673574	4
Insertion	Chr12	20737222	20737222	1
Insertion	Chr5	19259086	19259087	2
Insertion	Chr6	2216295	2216296	2
Insertion	Chr8	7852198	7852198	1

No Inversion

Translocations: 11

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr4	275316	Chr1	3318467	LOC_Os04g01370
Translocation	Chr12	6248354	Chr8	4190745
Translocation	Chr6	7290184	Chr4	4507591
Translocation	Chr8	7300632	Chr6	22107489	2
Translocation	Chr12	7417519	Chr8	16333966
Translocation	Chr11	15722920	Chr9	6881141	LOC_Os11g27329
Translocation	Chr4	18716750	Chr3	10899979
Translocation	Chr9	20546837	Chr6	23626170	LOC_Os09g35720
Translocation	Chr6	20565976	Chr1	18884060	2
Translocation	Chr11	22922301	Chr6	1553353
Translocation	Chr6	23454677	Chr2	19681247

Main menu