Search Results

Mutant Information

Mutant Name	FN3455-S [Download]
Generation	M2
Genus Species	Oryza Sativa
Cultivar	Kitaake
Alignment File (BAM File)	Download FN3455-S Alignment File
Seed Availability	Yes [Order Seeds]
Mapping (Hover to Zoom-In)

Variant Information

Single base substitutions: 56

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	6192897	G-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os01g11510
SBS	Chr1	6390115	A-C	Homo
SBS	Chr1	10331276	C-T	HET
SBS	Chr1	13445675	A-G	HET
SBS	Chr1	14303859	G-C	HET
SBS	Chr1	19695643	G-A	HET
SBS	Chr1	25327493	T-A	Homo
SBS	Chr1	38194483	C-A	HET
SBS	Chr2	206360	C-T	HET
SBS	Chr2	3608618	G-A	HET
SBS	Chr2	4668547	T-C	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g09100
SBS	Chr2	15204393	T-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os02g25910
SBS	Chr3	1399631	C-A	HET
SBS	Chr3	2967326	C-T	HET
SBS	Chr3	12698684	G-C	Homo
SBS	Chr3	17249950	C-T	HET
SBS	Chr3	19446826	C-T	HET
SBS	Chr3	30343874	T-A	Homo
SBS	Chr4	2305216	T-A	HET
SBS	Chr4	9931153	T-C	HET
SBS	Chr4	12287547	C-A	HET
SBS	Chr4	15302240	C-T	HET
SBS	Chr4	22303708	T-A	Homo
SBS	Chr5	491965	C-T	HET
SBS	Chr5	12178208	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g20750
SBS	Chr6	3485274	A-G	HET
SBS	Chr6	5866547	T-C	Homo
SBS	Chr6	8854211	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g15630
SBS	Chr6	9889761	C-T	HET
SBS	Chr6	24653813	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os06g41200
SBS	Chr6	27092626	T-C	HET
SBS	Chr7	6549515	C-T	Homo
SBS	Chr7	8099578	C-T	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os07g14210
SBS	Chr7	8395184	G-T	HET
SBS	Chr7	11927906	G-A	HET
SBS	Chr7	26578290	G-T	HET
SBS	Chr8	3380733	T-C	Homo
SBS	Chr8	8636094	A-G	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g14390
SBS	Chr8	9453239	T-A	Homo
SBS	Chr8	13812647	C-G	Homo
SBS	Chr8	25160478	T-A	HET
SBS	Chr8	25160482	G-A	HET
SBS	Chr9	3451651	G-A	Homo
SBS	Chr9	6758059	C-A	HET
SBS	Chr9	6758060	C-T	HET
SBS	Chr9	17956001	T-A	HET
SBS	Chr9	19787696	C-T	HET
SBS	Chr9	22156475	C-T	HET
SBS	Chr10	10600041	G-T	Homo
SBS	Chr10	17356392	A-G	HET
SBS	Chr11	2442532	C-T	HET
SBS	Chr11	25109066	T-G	HET
SBS	Chr12	4350005	C-G	Homo
SBS	Chr12	11772232	G-A	HET
SBS	Chr12	21999773	G-A	HET
SBS	Chr12	22929920	C-T	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g37340

Deletions: 16

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr5	638491	638498	7	LOC_Os05g02120
Deletion	Chr1	3964430	3964751	321
Deletion	Chr7	4358419	4358429	10
Deletion	Chr1	9185076	9185078	2
Deletion	Chr8	10948546	10948550	4
Deletion	Chr5	12131073	12131074	1
Deletion	Chr7	14786979	14786981	2
Deletion	Chr2	15442750	15442751	1
Deletion	Chr6	15651455	15651459	4
Deletion	Chr3	15652111	15652113	2
Deletion	Chr3	25208515	25208525	10
Deletion	Chr4	26263554	26263556	2
Deletion	Chr4	26330615	26330616	1	LOC_Os04g44480
Deletion	Chr11	26822436	26822437	1
Deletion	Chr6	27504001	27535000	30999	3
Deletion	Chr4	29530563	29530564	1

Insertions: 3

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr5	20239916	20239917	2
Insertion	Chr10	13292366	13292368	3
Insertion	Chr4	13544345	13544345	1

Inversions: 1

Variant Type	Chromosome	Position 1	Position 2	Number of Genes
Inversion	Chr5	10740103	10756894

Translocations: 10

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr12	4064800	Chr6	4019527	LOC_Os12g08000
Translocation	Chr12	4093389	Chr6	4019526
Translocation	Chr12	4102211	Chr5	10756895
Translocation	Chr12	4103176	Chr11	3556146	2
Translocation	Chr9	4125938	Chr2	7893334	LOC_Os09g08010
Translocation	Chr9	4126432	Chr2	13492152	2
Translocation	Chr9	8280731	Chr6	11647977
Translocation	Chr8	9803838	Chr6	9802277
Translocation	Chr9	15000560	Chr2	15078127
Translocation	Chr8	22301720	Chr6	13618918

Main menu

You are here

Search Results