Search Nipponbare

Mutant Information

Variant Information

Single base substitutions: 26

Variant Type	Chromosome	Position	Change	Genotype	Effect	Gene Affected
SBS	Chr1	24074772	C-A	HET
SBS	Chr10	1697392	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g03750
SBS	Chr10	1697393	G-A	HET
SBS	Chr10	17602914	G-A	HET
SBS	Chr10	2063514	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g04380
SBS	Chr10	3761810	C-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os10g07160
SBS	Chr10	6813568	C-T	HET
SBS	Chr11	12847778	T-C	HET
SBS	Chr11	3060418	G-A	HET
SBS	Chr12	22315869	G-A	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os12g36470
SBS	Chr2	15486730	G-A	HET
SBS	Chr2	27930667	G-A	Homo
SBS	Chr3	11016666	C-G	HET
SBS	Chr3	22002864	T-C	Homo
SBS	Chr4	16361700	T-C	Homo
SBS	Chr5	12122345	C-T	HET
SBS	Chr5	14583871	T-C	HET	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os05g25170
SBS	Chr5	8360411	T-C	HET
SBS	Chr5	9097313	T-C	HET
SBS	Chr6	25168845	A-T	Homo
SBS	Chr6	9040098	T-A	Homo
SBS	Chr7	12789799	C-A	HET
SBS	Chr7	6440970	C-T	HET
SBS	Chr8	25947259	T-A	Homo	NON_SYNONYMOUS_CODING	LOC_Os08g41020
SBS	Chr8	8053938	G-A	HET
SBS	Chr9	6419391	C-A	HET

Deletions: 7

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)	Number of Genes
Deletion	Chr6	572554	572559	5
Deletion	Chr8	4222272	4222276	4
Deletion	Chr5	5577611	5577615	4	LOC_Os05g10250
Deletion	Chr12	10950687	10950688	1
Deletion	Chr9	20587126	20587131	5
Deletion	Chr11	22931782	22931859	77
Deletion	Chr3	27489001	27501000	11999	LOC_Os03g48300

Insertions: 4

Variant Type	Chromosome	Start	End	Size (bp)
Insertion	Chr11	23637084	23637084	1
Insertion	Chr12	26466250	26466250	1
Insertion	Chr6	13982283	13982283	1
Insertion	Chr7	7817833	7817833	1

No Inversion

Translocations: 3

Variant Type	Chromosome	Position 1	Chromosome	Position 2	Number of Genes
Translocation	Chr9	16765229	Chr1	32057943	2
Translocation	Chr11	26960165	Chr5	27709523	LOC_Os11g44590
Translocation	Chr11	27005713	Chr2	15294622

Main menu